鸡新城疫病毒新疆分离株HN基因的克隆及遗传变异分析

【作者】 沙依兰古丽； 夏俊； 陆桂丽； 李红； 汪萍； 成进；

【机构】 新疆畜牧科学院兽医研究所；

【摘要】 从新疆乌鲁木齐市郊区个体专业养禽场发病鸡群中分离到3株鸡新城疫病毒(NDV),分别命名为XJ/9/08株、XJ/10/08株和XJ/17/08株。本实验通过RT-PCR扩增了3株NDV新疆株HN蛋白的全长基因。序列测定表明,获得的3个NDV新疆分离株的HN蛋白全基因核苷酸序列分别为1816bp、1776bp和1757bp,均含有一个开放阅读框(ORF),分别编码578、572和572个氨基酸。同源性分析结果显示,XJ/9/08株与LaSota株、Clone30等疫苗株的核苷酸同源率最高,为99.3%～98.6%,与TaiWan95的同源率最低,为81.9%。XJ/10/08株和XJ/17/08株与TaiWan95的核苷酸同源率最高,为94.5%～95.4%,与疫苗株的同源率较低,为80.2%～82.8%.遗传进化分析表明,XJ/9/08株与疫苗株LaSota和Clone30亲缘关系较近并位于同一个分支上。与其它两株的亲缘关系较远。XJ/10/08株和XJ/17108株与江苏株(JS/4/05)、广西株(GX/4/05)、浙江株(ZJ/1/00)、Taiwan95位于一个分支上,亲缘关系很近,而与疫苗株LaSota和Clone30的亲缘关系较远.更多还原