猪细小病毒自然弱毒N株(PPV-N株)VP1基因的扩增与生物信息学分析

【作者】 赵武； 李斌； 梁家幸； 梁保忠； 白安斌； 姚瑞英； 黄安国； 何颖； 蒋玉雯；

【机构】 广西兽医研究所；

【摘要】 对猪细小病毒自然弱毒PPV-N株VP1基因扩增及测序,利用生物信息学技术预测VP1蛋白的二级结构与B细胞抗原表位以及分析该蛋白的氨基酸差异位点及密码子偏爱性.结果表明,PPV-N株VP1基因与弱毒参考毒株NADL-2VP1基因同源性最高,亲缘关系最近,为PPV-N株和NADL-2株同属弱毒株提供了分子生物学依据.PPV-N株VP1蛋白的二级结构较为复杂,以β-折叠为主,并有较多的转角和无规则卷曲区域,在序列的20-56,61-80,86-130,136-188区域为B细胞抗原表位的优势区域.PPV强、弱毒株VP1蛋白存在5个氨基酸差异位点(T-365-I,G-528-D,Q-533-H,P-586-S,K-715-R),这些位点处氨基酸残基抗原性与毒力成正相关.PPV-N株VP1蛋白在A、C、E、G、H、I、K、N、Q、R、S、T、V和Y氨基酸于密码子选择上存在一定的偏爱性.更多还原