药用模式真菌赤芝全基因组简单重复序列分析

【作者】 钱俊； 徐海滨； 宋经元； 徐江； 朱英杰； 陈士林；

【机构】 中国医学科学院,北京协和医学院药用植物研究所；

【摘要】 简单重复序列(SSRs)或微卫星序列是遗传标记最丰富的来源之一,其在基因功能和基因组组织方面具有重要作用。赤芝是一种全世界广泛使用的药用模式真菌,属于多孔菌目,伞菌纲,担子菌门。本文分析赤芝基因组中SSR的数目及其分布情况,并与Coprinopsis cinerea,Laccaria bicolor,Phanerochaete chrysosporium,Postia placenta,Schizophyllum commune和Serpula lacrymans共六个伞菌纲的真菌基因组比较。基于我们的搜索规则,在上述七个真菌中,获得的SSR总数范围为1206～6104,SSR长度占基因组的0.04%～0.15%。在所有分析的真菌中,SSR总数和相对丰度与基因组大小不成比例,单碱基至三碱基重复占绝大多数。在赤芝中,共发现2674个SSR位点,相对丰度为62 SSRs/Mb,单碱基重复是其最丰富的类型。SSRs分布于所有基因组区域,非编码区比编码区更丰富。除三碱基和六碱基重复外,超过50%的其余种类的SSRs均分布于基因间区。SSR相对丰度最高的是内含子区(108 SSRs/Mb),其次为基因间区(84 SSRs/Mb)。684个SSRs分布于588个蛋白编码基因中,其中81.4%为三碱基或六碱基重复。随后我们对这些基因进行功能注释。280个基因可注释于InterPro,其中215个基因又可注释于GO。SSRs也存在于28个生物活性化合物合成相关基因中,包括一个3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因,三个多糖合成相关基因及24个细胞色素P450基因。最后我们对每个SSR位点进行了引物设计,为开发赤芝SSR标记提供基本材料。更多还原