运用生物信息技术预测猪矿物质营养功能性吸收新基因

【作者】 项智锋； 方热军；

【机构】 湖南农业大学动物科学技术学院；

【摘要】 依据最新生物信息学数据库,结合近年来猪矿物质营养的分子研究进展,挖掘现有生物数据库内蕴含信息,建立基于生物信息学和数据挖掘技术的新基因克隆和功能预测平台。第一,通过检索词从dbEST数据库检索,下载研究相关目标序列,将所选序列进行Blast分析,比对出相应的Unigene同源簇,下载上述同源簇或通过数字差异显示工具NCBI-DDD检索组织特异性Unigene同源簇;第二,通过Biolign软件进行EST clusters的拼接、延伸和组装,应用Blast检索程序进行ESTclusters拼接的contigs序列基因组相似性分析,校正contigs组装产生的误差;第三,应用Genscan程序分析基因组同源序列的编码区(CDS);第四,DNAssist预测上述CDS序列的开放阅读框(openreadingframe,ORF);第五,用premier5.0设计针对每个ORF的对应引物。通过数字差异显示工具分析Sus scrofa full-length enrichedsmall intestine cDNA library duo和skeletal musculecDNA libtary间的表达序列标签的差异序列,得到一个在Sus scrofa full-length enriched small intestinecDNA library高丰度表达的同源簇Ssc.26564,下载其对应的同源簇为UGID:1247358;进行后续EST组装、延伸和contigs序列校对,同时预测基因组同源性编码区和开放阅读框,并设计相应的引物。生物信息数据挖掘新基因克隆和功能预测平台能有效的发现组织特异性Unigene同源簇,为动物矿物质营养代谢未知新基因的克隆和功能预测提供了很好的方法。更多还原