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日本七鳃鳗(Lampetra japonica)Lyb基因的克隆及脊椎动物Y-box基因的系统发育分析
【机构】 辽宁师范大学海洋生物功能基因与蛋白质组学研究所； 南京师范大学；
【摘要】 采用RT-PCR和RACE技术,从日本七鳃鳗(Lampetra japonica)口腔腺、肝脏中分离获得了3条Y-box基因序列,分别命名为Lyb1、Lyb2和Lyb3,生物信息学分析其编码的蛋白质序列长度分别为331、181和171个氨基酸残基。采用DNAMAN软件,将七鳃鳗的3个Y-box蛋白氨基酸序列与海鞘、斑马鱼、清鳉、河豚鱼和小鼠Y-box蛋白进行同源性分析,结果显示他们共有一个保守的冷休克结构域,其中包含两个RNA结合基序RNP-1和RNP-2,表明获得的Lyb基因属于Y-box基因家族成员。此外,从Swiss-Prot下载了经实验验证过的Y-box蛋白序列数据,结合实验克隆得到的Lyb基因所编码的氨基酸序列构建系统发育树,发现Y-box基因在有颌类出现以前只有一种类型,有颌类出现以后,Y-box基因分化成YB1、YB2和CSDA三种类型。接下来我们又分别对Lyb、YB1、YB2和CSDA进行了选择压力分析,从选择压力分析的结果我们发现,除YB2是受到正选择压力之外,Lyb、YB1、CSDA均受到负选择压力以保持其原有的结构和功能。而YB2则是有利于形成新的功能以适应环境的变化,可见YB2是Y-box基因家族中较为特殊的一类。
【关键词】 日本七鳃鳗；
Y-box基因；
cDNA末端快速扩增(RACE)；
序列分析；
系统发育分析；
【基金】 国家自然科学基金(60575005);教育部新世纪优秀人才支持计划项目(NCET-07-0405)资助
- 【会议录名称】 “基因、进化与生理功能多样性”海内外学术研讨会暨中国生理学会第七届比较生理学学术会议论文摘要
- 【会议名称】“基因、进化与生理功能多样性”海内外学术研讨会暨中国生理学会第七届比较生理学学术会议
- 【会议时间】2009-07-17
- 【会议地点】中国辽宁大连
- 【分类号】Q78;Q953
- 【主办单位】中国生理学会比较生理学专业委员会