虾夷扇贝外套膜和肾脏组织cDNA文库构建以及EST的初步分析

【作者】 李云峰； 刘卫东； 高祥刚； 李文姬； 刘莹； 李宏俊； 王健； 鲍相渤；

【机构】 辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室； 辽宁师范大学生命科学学院；

【摘要】 利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝外套膜和肾脏两种组织的cDNA文库。两个文库容量分别为2.30×106 cfu/ml和1.20×106 cfu/ml,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1 kb,文库质量符合标准要求。随机选取的4009个克隆进行5’端测序,得到3884个有效序列（外套膜:923个,肾脏:2961个）,测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇（unigenes）,包含363个序列重叠群（contigs）和1644条单一序列（singletons）。通过BLASTx和BLASTn搜索比对,共有659个Unigenes（外套膜:157个;肾脏:502个）获得了基因注释(E<e^-5),占Unigene总数的32.84%。对Unigene的功能和分类进行了初步分析,发现多种与免疫相关的基因,如凝集素、超氧化物歧化酶、溶菌酶、大防卫素等以及与机体运动相关的蛋白,如肌原蛋白、肌球蛋白、肌动蛋白等。利用SSRIT在线工具对2007条Unigene查找微卫星发现,有69个EST中含有微卫星序列,其中40个可以用于引物设计。虾夷扇贝cDNA文库的成功构建,为进一步的EST分析、功能基因的表达和克隆、多态性EST-SSR的筛选,以及虾夷扇贝分子遗传学研究、种质资源评价和分子选育等奠定了基础。更多还原