杜仲雌雄株转录组测序数据组装及基因功能注释

【作者】 赵德刚； 李岩； 吕立堂； 赵丹； 董璇； Yi Li；

【机构】 贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院山地植物保护与种质创新省部共建教育部重点实验室； 贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室； 贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院,山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室； 贵州大学生命科学研究院/农业生物工程研究院, 山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室； Department of Plant Science,University of Connecticut,Storrs,CT,06269,USA；

【摘要】 杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)是具有重要开发价值的药用植物和胶原植物,建立转录组数据库对分离关键功能基因、阐明基因表达特性具有重要意义。本研究在杜仲幼果发育时期对雌雄株幼果、叶片、树皮的转录组进行测序,构建了转录组数据库,获得雌株51,574,000条、雄株52,430,502条Clean Reads数据,分别包含总长度为4,641,660,000nt和4,718,745,180nt序列数据信息;经拼接组装,获得雌株基因信息长达69,461,730nt的423,339个Contig片段,获得雄株基因信息长达94,814,201nt的542,383个Contig片段;对Scaffold进一步拼接,分别获得平均长度为229nt的雌株159,434个Unigene片段和平均长度为231nt的雄株257,298个Unigene片段;共有48761个表达序列标签(EST),以Unigene和NR数据库比对,杜仲雌雄株转录组基因序列与葡萄的同源性最高,为33.8%,其次是蓖麻(11.4%)和杨树(11.2%),与拟南芥的同源性很低,才2.3%;以Unigene和COG数据库比对,可将杜仲转录组Unigene的功能分为25类,根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类55分支;与KEGG数据库比较,杜仲雌雄株转录组数据含有127类代谢通路的基因,包括多种氨基酸生物合成、脂肪酸代谢、糖代谢,尤其是次生物质代谢途径较多,如萜类化合物生物合成、黄酮与黄酮醇生物合成、异喹啉生物碱生物合成、花青素生物合成等。更多还原