Notch-1和CBF-1在人类胰腺癌基因组中转录共调控的靶基因特征分析

【作者】 王澜舸； 刘凤麟； 褚巧云； 兰泓； 周萍； 张玉祥；

【机构】 首都医科大学生物化学系；

【摘要】 目的在人类胰腺癌细胞HPAC全基因组水平寻找Notch-1胞内结构域(Notch-1 intra-celluar domain,NICD)和CBF-1共同转录调控的靶基因,分析其的特征值,并提示Notch信号通路的潜在生物学功能和调控模式。方法染色质免疫共沉淀(Chromatin immuno-precipitation,ChIP)联合Illumina/Solexa高通量测序(ChIP-seq)在HPAC全基因组范围分析NICD和CBF-1转录共调控的靶基因类型、功能和分布等特征值。结果 1.NICD和CBF-1两组样本有效reads数分别为14,287,722个和14,289,280个,与人类参考基因组唯一匹配的reads数分别为11,782,027个和11,711,920个;2.NICD和CBF-1两组样本的peak数目分别为385个和492个,peak区域分别为318,344bp和383,768bp,都占全基因组的约0.01%;3.两组样本的peak区域几乎集中于基因间区和内含子区,位于外显子区的peak极少;4.NICD组和CBF-1组的peak相关基因数分别为150个和287个,其中共有基因93个;5.通过基因聚类分析和数据库比对可以查到这些基因的名称等具体信息。结.在HPAC细胞全基因组范围内找到了更多受CBF-1和NICD在转录水平共同调控的靶基因,初步明确了它们的类型、分布和功能,并提示了一些Notch信号通路潜在的生物学功能和调控模式。更多还原