鲈鱼呼肠孤病毒的全基因组测序及其序列分析

【作者】 陈中元； 高小蝉； 张奇亚；

【机构】 中国科学院水生生物研究所,淡水生态与生物技术国家重点实验室；

【摘要】 水生呼肠孤病毒是感染鱼类的重要病毒性病原之一。我国已从淡、海水鱼类中分离到不同水生呼肠孤病毒株,如淡水草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)和海水大菱鲆呼肠孤病毒(5cophthalmus maximus reovirus,SMReV)[Ke etal,2011]等。最近,我们又从鲈鱼(一种咸淡水鱼类)中新分离到一株水生呼肠孤病毒(Lateolabraxjaponicus reovirus,LJReV),在对其形态结构、理化性质研究的基础上,采用FLAC(Full-length amplification and of cDNA)技术测定了其全基因组序列。结果显示:LJReV的全基因组共含24,024bp,由11条分节段的dsRNA组成,其大小从S1-S11依次为:3,947bp;3,866bp;3,687bp;2,622bp;2,242bp;2,056bp;1,399bp;1,317bp;1,118bp;987bp;783bp。各个节段均具有保守的5’GUUUUA和3’UCAUC序列,且末端存在不完全的反向重复序列。除S7节段含有两个开放阅读框外,其余节段均含有一个开放阅读框,共编码12个蛋白。推导的氨基酸序列分析显示,LJReV编码的12个蛋白与其它水生呼肠孤病毒对应蛋白的相似性最低为13%,最高为94%,其中与淡水鱼来源的呼肠孤病毒相似性较低,而与海水鱼来源的呼肠孤病毒相似性较高。基于VP7蛋白的进化树分析显示LJReV与水生呼肠孤病毒A类型中毒株有较近的亲缘关系,但同其它已知的水生呼肠孤病毒分离株的亲缘关系较远,这表明LJReV是属于水生呼肠孤病毒A类型中的一个新成员。更多还原