苦瓜基因组SSR分子标记引物的开发与利用

【作者】 王书珍； 丁毅；

【机构】 武汉大学植物发育生物学教育部重点实验室； 武汉大学生命科学学院遗传学系；

【摘要】 苦瓜(Momordica charantia L.)是葫芦科(Cucurbitaeae)苦瓜属一年生攀缘草本植物,既作为蔬菜具有食用价值,也作为提取苦瓜素原材料具有药用价值,在加勒比海、非洲、亚洲、南美洲等热带和亚热带地区广泛种植。我国的广东、广西、云南、湖南和海南等地栽培较多。目前国内外对苦瓜的研究主要集中在生物药理药化、临床应用、人工栽培等方面,在细胞学和组织培养等方面的研究报道较少,分子生物学方面尤其少见。关于苦瓜的起源和进化问题一直存在争议,随着RFLP、RAPD、SSR、AFLP等DNA分子标记技术的发展,从分子水平上深入研究苦瓜种质资源的遗传背景及进化途径已成为主要的研究方向。本实验利用亲和素标记的(AG)13探针构建了部分cDNA克隆文库,并通过磁珠富集法分离SSR序列片段与pGEM-T载体相连后进行转化克隆,并用PCR检测和蓝白斑筛选法挑取了133个阳性克隆并进行测序。利用Primer 3.0对含有重复序列11个以上和侧翼序列较长的测序片段设计引物33对。用8%的聚丙烯酰胺凝胶电泳对我国不同省份来源的37份苦瓜品种基因组DNA进行了检测,结果得到了12对具有多态性的SSR引物。人工读带并用Arlequin3.01和Micro-checker 2.2.3软件进行数据分析。这些引物对苦瓜的遗传多样性的研究以及资源的保存和利用积累了有益的资料。实验结果如下:1、开发出12对SSR有效引物。2、在37个苦瓜品种中,12个多态引物共产生36个等位基因,每个位点2个至6个不等,平均每个位点3个。3、预期杂合度He范围在0.2370到0.6738,观察杂合度Ho的范围从0到0.4849。4、在统计过程中我们发现这些位点处存在无效等位基因Na,从而造成了除S24、S26、S32、S33外另有8个SSR位点偏离Hardy-Weinberg equilibrium(HWE)。更多还原