板栗基因组微卫星特征分析

【作者】 朱灿灿； 王敏； 周久亚； 耿国民；

【机构】 江苏省中国科学院植物研究所；

【摘要】 利用最新公布的板栗基因组序列进行微卫星序列特征和组成分析,以期展开板栗基因组微卫星特征分析研究,进而为我国板栗品种鉴别以及遗传研究提供标记和序列资源,减少栗农因品种不明而带来的经济损失。采用Misa(http://www.Pgrc.ipkgatersleben.de/misa)程序查找1~6碱基重复的微卫星,其中参数设置为:单碱基重复最短为10个重复,二碱基重复最短为6个重复,三碱基重复最短为4个重复,四碱基重复最短为3个重复,五碱基重复最短为3个重复,六碱基重复最短为2个重复。侧翼序列的查找通过对随机挑取的100对引物中,核心序列SSR的左侧上游100 m序列和右侧下游100nt序(其中上游或下游序列少于100 nt的SSR被剔除掉)进行GC含量分析,应用Bio-Edit软件对基因组侧翼序列比对分析,其中Expectation Value(E)设置为1.0E-3。通过对板栗基因组中1~6碱基重复完整型和复合型进行分析,共获得674 264条板栗微卫星重复序列。长度为单核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,共268 23 1个,占重复序列总数的39.77%;其次是二碱基重复单元序列和四碱基重复单元序列,分别占重复序列总数的24.56%和16.07%;六碱基重复单元序列最少,为1 014个,仅占重复单元序列总数的0.15%。在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T和AT/TA,三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(AAAN)n、(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T。分析同时发现,板栗基因组微卫星长度变化的多样性与重复单元长度呈负相关,这意味着板栗基因组中重复单元较短的微卫星变异速率较快,而重复单元较长的微卫星变异速率较慢,相对较为稳定。板栗基因组侧翼序列分析结果表明,左侧序列与右侧序列GC含量相差不大;设计的引物序列中,有85%的引物可以特异扩增出含有SSR序列的位点。更多还原