乙型肝炎病毒感染不同临床转归患者血清中病毒全长基因组准种特点

【作者】 杨之涛； 黄素园； 陈立； 刘锋； 张欣欣；

【机构】 上海市瑞金医院感染科,中法生命科学与基因组研究中心；

【摘要】 [目的]乙型肝炎病毒感染(HBV)的临床转归差异很大,HBV在体内以准种形式存在,准种的变异谱系及其进化方向、可逃避选择压力和改变毒力的变异出现影响了HBV的致病力,从而影响了HBV感染的临床表现和转归。本研究旨在应用生物信息学方法分析HBV感染不同临床转归中病毒全长基因组准种特点及相关基因突变的差异,探索HBV生物学特性对临床转归的影响。[方法]41例未接受抗病毒治疗的HBV感染者纳入本研究,其中急性乙型肝炎(AHB)10例、慢性HBV携带(ASC) 10例、慢性乙型肝炎(CHB)11例和慢性重型乙型肝炎(CSHB)10例。分离患者外周血血清中HBV DNA,PCR扩增全长基因组后克隆、测序。每例患者获得14-16个序列,并进行HBV全长基因组、大/中/主蛋白编码序列,核心启动区(CP),C、X、P基因和rt区的准种异质性分析及相关基因突变统计等生物信息学分析。[结果]41例患者共获得619个HBV全长基因组序列。AHB、ASC、CHB和CSHB组间基因型构成无统计学差异。HBV准种异质性上,CHB组和CSHB组无显著性差异;ASC组与CHB或CSHB组相比,大/中/主蛋白编码序列、P基因、C基因及rt区的异质性小于后两者;而AHB组和其余三组比较,准种异质性最小。CSHB组内死亡患者的中/主蛋白编码序列的准种复杂度明显高于存活患者(P均<0.05)。四组患者的G1896A、T1753C、A1762T、G1764A、C1766T突变率显著不同,均是CSHB组>CHB组>AHB组>ASC组。AHB组和CHB组各有2例患者发现单个位点的拉米夫定相关补偿性耐药突变,突变位点为rtT128P、rtV173L、rtW153Q。CHB和CSHB组中观察到C基因的核苷酸缺失,其中CSHB组患者发生较长片段的框移突变,而AHB和ASC患者未发现C基因的缺失或插入变异。[结论]慢性感染比急性感染具有更宽的HBV变异谱系,慢性感染中免疫清除期比免疫耐受期具有更宽的HBV变异谱系。病情的严重患者中,HBV的准种的复杂度及核心启动子及PreC区突变率较高。更多还原