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非键作用和库仑模型预测甘氨酸-α-多肽构象稳定性
Determining the Conformation Stability of Glycine-α-polypeptide by No-bonded Interaction and the Coulomb Model
【作者】 李晓静;
【导师】 王长生;
【作者基本信息】 辽宁师范大学 , 有机化学, 2005, 硕士
【摘要】 本文采用密度泛函理论B3LYP/6-31G*方法,对甘氨酸?α?二肽、三肽、四肽、五肽和六肽分子进行了计算。对构象中的主要非键相互作用进行分析,确定了影响构象稳定性的主要非键作用,并估算了相关非键作用的能量。将之应用于判断二肽、三肽、四肽、五肽和六肽分子构象的相对稳定性,得到了满意的结果。进而建立甘氨酸?α?多肽的库仑模型,探讨了电荷在库仑模型中的作用,确立了各种非键作用的能量参数。用本文方法及库仑模型方法预测多肽构象的相对稳定性,得到了满意的结果。具体包括: 1) 以甘氨酸?α?二肽、三肽、四肽、五肽和六肽分子的52 个稳定构象为研究对象,对构象中的主要非键相互作用进行分析,确定了其相应参数值,使用此参数值和多肽分子构象的分子结构图,确定构象的相对能量,与密度泛函理论B3LYP 方法得到的相对能量比较,得到了满意的结果。2) 选择甘氨酸?α?多肽的库仑模型,确定相关非键作用能量的相应参数K。利用库仑模型、参数K 和密度泛函理论B3LYP/6-31G*方法优化计算的电荷,确定构象的相对能量,与密度泛函理论B3LYP 方法得到的相对能量比较,得到了满意的结
【Abstract】 1. The features of the conformers’structures were analyzed, the parameters of twelve no-bonded interactions have been determined. These parameters and the structures of 52 glycine-α-polypeptides have been taken into account the relative conformational energies. And the agreement with B3LYP data is very good. 2. The Coulomb Model, K parameters have been developed that nicely reproduce the relative conformational energies of 52 polypeptides with the atomic charges which were determined by using a 6-31G* basis set. Furthermore, we have determined the conformation stability of glycine-α-polypeptide. As we can see, The Coulomb Model and K parameters do a good job of reproducing the relative conformational energies.
- 【网络出版投稿人】 辽宁师范大学 【网络出版年期】2006年 03期
- 【分类号】O621.13
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