基于简化基因组的海南坡鹿亲缘关系分析

【摘要】 基于我国特有一级重点保护动物海南坡鹿(Cervus eldi hainanus)简化基因组测序结果，筛选微卫星(SSR)分子标记用于坡鹿种群亲缘鉴定分析。通过对海南坡鹿总DNA进行提取，使用Illumina平台对基因组进行测序，利用CERVUS和POPGENE软件分别对海南坡鹿SSR位点特征信息及亲缘关系鉴定进行分析。海南坡鹿简化基因组共检测到20505个SSR位点，其中19个SSR位点的遗传多样性较高，等位基因数量在2～8个，平均多态性信息含量(PIC)为0.42,平均期望杂合度(HE)和观测杂合度(HO)分别为0.63和0.48。基于19个SSR位点的累积非父排除率分析表明，仅使用4个SSR位点组合对坡鹿亲缘关系鉴定的排除概率在99.9%以上。本研究建立了一套有效的鹿科动物亲子鉴定的分子标记方法，筛选的SSR分子标记物可有效地用于海南坡鹿的亲缘分析及家系管理，对合理指导海南坡鹿人工繁育工作，以及在濒危和珍贵鹿科动物的选种育种研究中具有重要的应用价值。更多还原