【摘要】 本研究旨在探讨牛蒡叶绿体基因组中密码子的使用偏好，并分析其主要影响因素，同时确定最优密码子，为菊科植物叶绿体基因组研究提供参考。根据NCBI数据库中GenBank登录号MH375874.1,下载牛蒡叶绿体基因序列构建图谱分析，并筛选出49条CDS序列利用Codon W、CUSP、Excel及SPSS软件进行参数获取、绘图以及最优密码子分析。牛蒡叶绿体基因组全长152 767 bp, GC含量为37.87%,且GC₁（46.05%）>GC₂（37.97%）>GC₃（29.61%）,密码子第3位碱基倾向以A/U结束；ENC值均大于35,CAI均值为0.171,CBI均值为-0.093,Fop均值为0.356,这些指标共同表明其密码子偏好性较弱；通过ENC-plot绘图、PR²-plot绘图以及中性绘图分析，发现自然选择是塑造密码子使用偏好的主要驱动因素。最终鉴定出14个最优密码子，其中仅有1个以G结尾密码子，其余密码子均以A或U结尾。研究表明，影响牛蒡叶绿体基因组密码子偏好性形成的关键因素是自然选择，该研究为深入挖掘和利用牛蒡的潜在价值提供了理论依据。更多还原