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基于蛋白质相互作用网络局部相似度的肝癌疾病基因预测

Predicting HCC-causative genes based on local similarity indices in human protein-protein interaction network

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【作者】 胡静波项炬胡涛胡柯

【Author】 HU Jing-bo;XIANG Ju;HU Tao;HU Ke;Department of Physics, Xiangtan University;Department of Basic Medical Sciences&Academician Workstation, Changsha Medical University;School of Electronic Information Engineering, Qilu University of Technology;

【通讯作者】 胡柯;

【机构】 湘潭大学物理与光电工程学院长沙医学院基础医学院院士工作站齐鲁工业大学电子信息工程学院

【摘要】 基于人类蛋白质相互作用网络,该文采纳拓扑局部相似度去实现肝癌疾病基因的预测.交叉检验测试结果表明:有22%~29%的目标基因在候选基因中排名前5%,且预测精度均能达到0.7以上.归因于低的计算复杂度和相对高的预测精度,这类疾病基因预测方法可为发现和鉴定疾病基因提供有力的线索.

【Abstract】 Based on the human protein-protein interaction network, we adopt the local topological similarity in network to predict the hepatocellular-carcinoma(HCC)-related genes. The cross validation showed that the AUC of every similarity index can exceed 0.7, and 22% to 29% known disease genes are at top 5%. Due to both low computing complexity and relatively high prediction accuracy, they might be helpful for disease-related genes discover and identification.

【基金】 长沙市杰出创新青年培养计划(kq2009093,kq1905045)
  • 【文献出处】 湘潭大学学报(自然科学版) ,Journal of Xiangtan University(Natural Science Edition) , 编辑部邮箱 ,2021年01期
  • 【分类号】R735.7
  • 【被引频次】2
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