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【英文篇名】 |
Complete genome analysis of human enterovirus 71 strain isolated in Nanjing,China |
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【下载频次】 |
★★ |
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【作者】 |
王子鸣;
余倩;
张曾娣;
黄赞; |
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【英文作者】 |
WANG Zi-ming;
YU Qian;
ZHANG Zeng-di;
HUANG Zan;
Laboratory of Gastrointestinal Microbiology;
Nanjing Agricultural University;
Nanjing Children's Hospital; |
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【作者单位】 |
南京农业大学动物科技学院消化道微生物研究室;
南京市儿童医院; |
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【文献出处】 |
中国人兽共患病学报
, Chinese Journal of Zoonoses, 编辑部邮箱
2018年 12期
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览 ASPT来源刊 中国期刊方阵 CJFD收录刊 |
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【中文关键词】 |
肠道病毒71型;
全基因组;
同源性分析;
系统进化分析; |
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【英文关键词】 |
enterovirus 71;
complete genome;
homology analysis;
phylogenetic analysis; |
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【摘要】 |
目的对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。 |
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【英文摘要】 |
To provide a basis for monitoring and control of HFMD caused by enterovirus 71 in Nanjing 2017,we isolated two EV71 strains from clinical EV71-RNA positive fecal samples.The evolution and genetic variation characteristics of these two strains were determined by their whole genomic nucleotide sequence.To this end,we fractionally amplified the genomes by PCR with 8pairs of primers,and sequenced these amplicons to splice the whole genome.The nucleotide and amino acid homologous comparison and phylogenetic anal... |
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【基金】 |
国家自然科学基金(No.31500944);
江苏省自然科学基金(No.BK20150687,No.BK20170147)联合资助~~ |
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【更新日期】 |
2019-02-20 |
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【分类号】 |
R446.5 |
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【正文快照】 |
手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)是一种儿童常见的自限性传染病,多发于1~5岁的儿童,其临床症状为婴幼儿发热和手、足、口腔和臀等处的皮疹或疱疹[1-2]。引起HFMD的病原体有多种,其中以肠道病毒71型(Enterovirus71,EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxsackievirusA16,CA16)? |
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