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【英文篇名】 |
Transcription factors analysis of subchondral bone in early experimental osteoarthritis based on gene expression profiles |
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【下载频次】 |
★★★★★ |
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【作者】 |
张荣凯;
李国威;
江东;
张大卫;
于兵;
杨禄坤; |
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【英文作者】 |
ZHANG Rong-kai;
LI Guo-wei;
JIANG Dong;
ZHANG Da-wei;
YU Bing;
YANG Lu-kun;
Department of Anesthesiology;
the Fifth Affiliated Hospital of SUN Yat-sen University; |
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【作者单位】 |
中山大学附属第五医院骨科;
中山大学附属第五医院泌尿外科;
中山大学附属第五医院麻醉科; |
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【文献出处】 |
中国骨伤
, China Journal of Orthopaedics and Traumatology, 编辑部邮箱
2018年 02期
期刊荣誉：ASPT来源刊 中国期刊方阵 CJFD收录刊 |
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【中文关键词】 |
基因芯片;
骨关节炎;
软骨;
关节;
转录因子; |
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【英文关键词】 |
Gene chip;
Osteoarthritis;
Cartilage;
articular;
Transcription factor; |
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【摘要】 |
目的:利用生物信息分析方法对骨关节炎软骨下骨全基因表达谱进行转录因子预测及分析。方法 :下载基因芯片实验数据(GSE30322),使用软件包limma packagein R(版本:3.3.1)筛选差异表达基因,筛选差异基因的标准以基因表达上调或下调的倍数≥2为标准(P<0.05),进一步使用Cytoscape软件(版本:3.4.0)的i Regulon插件预测分析调控这些差异表达基因的转录因子,并分析预测的转录因子所调控的差异表达基因。结果:发现上调的差异表达基因可能相关15个转录因子及其相对应的靶基因:FOXN4,NANOS1,E2F6,RAD21,MECOM,ETS1,MEF2A,POU2F3,BRCA1,GATA3,ZNF706,ZBTB33,SUZ12,DBP,SETDB1等。发现下调的差异表达基因可能相关12个转录因子及其相对应的靶基因:ARID3A,YY1,RDBP,ATF1,CRX,TAF1,XBP1,SOX3,E2F4,PGR,TIMM8A,HOXA2等。结论:预测分析的转录因子可能在骨关节炎软骨下骨致病机制调控中起了重要作用,其有可能成为新的防治骨关节炎的靶点。 |
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【英文摘要】 |
Objective:To identify the master transcription factors(TF) that might be responsible for the gene expression alteration of OA. Methods:Raw expression data for rat OA model(GSE30322) was downloaded from NCBI GEO database.Microarray data analysis for rat and human was carried out separately using functions from limma packagein R,gene expression was considered as significantly changed between conditions if adjusted-value<0.05 and the absolute value of fold change ≥2.i Regulon was applied to differentially up-r... |
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【基金】 |
广东省自然科学基金(编号:2015A030310240);
广东省医学科研基金(编号:A2014261)~~ |
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【更新日期】 |
2018-03-15 |
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【分类号】 |
R684.3 |
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【正文快照】 |
骨性关节炎(osteoarthritis,OA)是一种复杂多病因退变性关节疾病,涉及关节所有组织,以关节软骨退行性变、软骨下骨硬化、囊性化、无菌性坏死及骨赘形成等改变为主[1]。以往对OA致病机制及治疗靶
点研究主要集中在关节软骨,但近年来越来越多研究将研究方向转移到非软骨组织,其? |
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