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原核生物基因组肽编码sORFs分布及功能特征  
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【英文篇名】 Sequence and Function Analysis of Peptide Coding Small Open Reading Frames in Prokaryotic Genomes
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【作者】 陈宜亭; 张凤; 赵佳; 于家峰; 沙玉杰; 王吉华;
【英文作者】 CHEN Yi-Ting; ZHANG Feng; ZHAO Jia; YU Jia-Feng; SHA Yu-Jie; WANG Ji-Hua; Shandong Provincial Key Laboratory of Biophysics; Institute of Biophysics; Dezhou University; College of Physics and Electronic Information; College of Life Science; Shandong Normal University;
【作者单位】 山东省生物物理省级重点实验室德州学院生物物理研究所; 德州学院物理与电子信息学院; 山东师范大学生命科学院;
【文献出处】 生物化学与生物物理进展 , Progress in Biochemistry and Biophysics, 编辑部邮箱 2018年 01期  
期刊荣誉:中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  中国期刊方阵  CJFD收录刊
【中文关键词】 小开放阅读框; 原核生物基因组注释; 蛋白质编码基因;
【英文关键词】 small open reading frame; prokaryotic genome annotation; protein-coding RNA;
【摘要】 近期,从非编码RNA中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs),激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的研究兴趣,sORFs迅速成为当前重点研究领域.由于表达水平及丰度低、序列短等因素,对肽编码sORFs的有效研究方法及数据资源还很缺乏,现有研究仅集中在少数真核模式生物,对自然界中广泛存在的原核生物研究非常少,肽编码sORFs的发现为目前精准背景下的基因组注释提出严峻挑战.在此背景下,本文首先系统研究了80余种不同类型原核生物中长度小于100个氨基酸的肽编码sORFs分布及功能特征,并对不同长度区间sORFs的序列组成、分布及进化特征进行了对比分析.结果表明,肽编码sORFs在原核生物基因组普遍存在,随着序列长度的降低,其序列复杂度降低,行使的生物功能也相对集中.在此基础上,进一步结合当前肽编码sORFs研究现状,深入总结了肽编码sORFs研究存在的问题及挑战,为今后肽编码sORFs研究奠定了坚实理论基础.
【英文摘要】 Whether encoding protein is the golden standard for distinguishing protein coding genes and non-coding RNA(nc RNA), while recent detected peptide coding small open reading frames(s ORFs) from lnc RNA challenged this standard. Now, more and more studies have shown that peptide coding s ORFs exist in different regions of eukaryotic genomes universally, which play important roles in biological activities. Because of the low expression level as well as low abundance and the short sequence length, there are few ...
【基金】 国家自然科学基金(61771093,61671107); 山东省自然科学基金重点项目(ZR2016JL027)资助~~
【更新日期】 2018-02-06
【分类号】 Q78
【正文快照】 3)山东师范大学生命科学院,济南250000)2016年,德克萨斯大学Eric教授团队在《科学》(Science)杂志报道了一种由位于lnc RNA上的小开放阅读框(small open reading frame,s ORF)编码的小肽DWORF[1],长度仅为34个氨基酸,在心肌收缩中发挥重要作用.DWORF的发现引起了人们对s ORFs及

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