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应用生物信息学筛选前列腺癌潜在生物标志物  
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【英文篇名】 Identification of potential biomarkers in prostate cancer by bioinformatic analysis
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【作者】 石胜军; 田斌群;
【英文作者】 SHI Sheng-jun; TIAN Bin-qun; Department of Urology; Zhongnan Hospital of Wuhan University;
【作者单位】 武汉大学中南医院泌尿外科;
【文献出处】 现代泌尿外科杂志 , Journal of Modern Urology, 编辑部邮箱 2018年 10期  
期刊荣誉：ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 前列腺癌; 生物信息学; 基因芯片; 差异表达基因;
【英文关键词】 prostate cancer; bioinformatics; microarray; differentially expressed genes;
【摘要】 目的运用生物信息学方法筛选前列腺癌潜在生物标志物。方法从GEO数据库上下载编号为GSE55945的基因芯片数据集,使用R软件获取差异表达基因,然后通过蛋白互作网络等筛选出枢纽基因并进行初步验证。结果通过差异基因筛选,得到差异表达基因462个,其中上调基因114个,下调基因348个。基因本体功能富集分析显示差异表达基因主要参与肌肉系统、系统生物过程调节、循环系统等生物过程;京都基因与基因组百科全书通路富集分析显示这些差异表达基因主要涉及粘着斑、蛋白聚糖、cAMP信号通路及钙离子信号通路等通路。通过蛋白互作网络筛选出6个备选枢纽基因,基于TCGA对枢纽基因进一步筛选,最终筛选得到3个枢纽基因:VCL、RND3、RRAS。ROC曲线结果显示枢纽基因能够区分前列腺癌及正常组织(AUC>0.7,P<0.001)。结论通过生物信息筛选的得到的枢纽基因可能为前列腺癌进一步研究提供线索,可能成为前列腺癌早期诊断标志物及治疗靶标。
【英文摘要】 Objective To identify the potential biomarkers in prostate cancer by bioinformatic analysis.Methods After the gene expression profile GSE55945 was downloaded from GEO database,differentially expressed genes(DEGs)were identified with R Software.The hub genes were screened and validated by bioinformatic methods.Results A total of 462 DEGs were identified,including 114 up-regulated and348 down-regulated ones.GO enrichment analysis revealed that the DEGs were mainly involved in muscle system process,regulation ...
【更新日期】 2018-11-16
【分类号】 R737.25
【正文快照】 据统计2012年全世界新诊断前列腺癌约1 100 000例,居男性肿瘤第二位;同时约30 700人死于前列腺癌,居男性肿瘤死亡率第五位[1]。相对于欧美国家,中国前列腺癌患病率较低,但也有逐年上升的趋势[2]。目前对于前列腺癌的初筛主要依靠前列腺肿瘤标志物(prostate-specific antigen,PS

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