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【英文篇名】 |
A Survey on Algorithms for Protein Tertiary Structure Prediction |
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【下载频次】 |
★★★★★ |
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【作者】 |
王超;
朱建伟;
张海仓;
巩海娥;
郑伟谋;
卜东波; |
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【英文作者】 |
WANG Chao;
ZHU Jian-Wei;
ZHANG Hai-Cang;
GONG Hai-E;
ZHENG Wei-Mou;
BU Dong-Bo;
Institute of Computing Technology;
Chinese Academy of Sciences;
University of Chinese Academy of Sciences;
Institute of Theoretical Physics; |
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【作者单位】 |
中国科学院计算技术研究所;
中国科学院大学;
中国科学院理论物理研究所; |
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【文献出处】 |
计算机学报
, Chinese Journal of Computers, 编辑部邮箱
2018年 04期
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览 ASPT来源刊 中国期刊方阵 CJFD收录刊 |
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【中文关键词】 |
蛋白质结构;
同源建模;
归范法;
从头预测法;
能量函数;
动态规划;
线性规划; |
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【英文关键词】 |
protein structure;
homology modeling;
threading;
ab initio;
energy function;
dynamic programming;
linear programming; |
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【摘要】 |
了解蛋白质的三维结构对于认识蛋白质的功能有着重要意义.由于蛋白质结构测定的速度远远跟不上蛋白质序列测定的速度,因此使用计算技术依据蛋白质序列预测结构成为结构测定的有力补充.该文首先总结了蛋白质结构预测的3类基本方法,包括基于序列-序列联配的同源建模法、基于序列-结构联配的归范法以及基于最小化能量函数的从头预测法,并分析了其中的关键技术;进而总结了有代表性的蛋白质结构预测软件工具,然后通过对蛋白质结构预测CASP比赛结果的分析比较了各种方法的性能,并获得了如下结论:当待预测蛋白质与模板蛋白质序列等同度超过30%时,同源建模法能够产生高质量的预测结果,归范法中的远同源检测以及从头预测法中的能量函数设计是尚待突破的关键点;最后,该文总结分析了未来的发展趋势,并阐释了强序列信号绑架蛋白质构象生成的观点,即从整体来说,蛋白质序列与结构的关联关系并不显著,但其中某些特定的局部序列片段具有非常强的结构倾向性,这些强信号区域引导蛋白质的折叠过程,对这些强信号区域的认识将会有助于提升蛋白质结构预测算法的性能. |
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【英文摘要】 |
Proteins are important macromolecules that consist of one or more long chains of amino acids,and perform a great variety of biological functionalities,including catalyzing,transportation,and responses to stimuli.In natural environment,aprotein usually folds into a specific tertiary structural conformation called native structure.The functionalities of a protein are largely determined by its structural conformation,rending the understanding of protein structures fatally important.However,the experimental app... |
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【基金】 |
国家“九七三”重点基础研究发展规划项目基金(2012CB316502);
国家自然科学基金(31270834,61272318,11175224,11121403);
中国科学院理论物理研究所理论物理国家重点实验室开放工程项目(Y4KF171CJ1)资助 |
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【更新日期】 |
2018-05-04 |
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【分类号】 |
O221;Q51 |
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【正文快照】 |
1 引 言蛋白质是生命体的重要组成部分.据估计,生命体的细胞中大约15%~20%是蛋白质,是含量最高的有机物.蛋白质的基本组成单元是氨基酸.常见的氨基酸有20种,由中心碳原子及其相连的氨基(-NH2)、羧基(-COOH)、氢原子以及区别氨基酸的侧链构成.一个氨基酸的氨基可以和另一个氨? |
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