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基于转录组测序数据的甘薯SSR标记开发及群体聚类分析  
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【英文篇名】 SSR Markers Development and Group Cluster Analysis of Sweetpotato Based on Transcriptional Sequencing Data
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【作者】 杨育峰; 史典义; 王雁楠; 杨国红; 徐心志; 翟红; 何绍贞; 刘庆昌; 苏文瑾;
【英文作者】 Yang Yufeng; Shi Dianyi; Wang Yannan; Yang Guohong; Xu Xinzhi; Zhai Hong; He Shaozhen; Liu Qingchang; Su Wenjin; Food Crop Institute; He'nan Academy of Agricultural Sciences; Key Laboratory of Sweetpotato Biology and Biotechnology of Ministry of Agriculture; China Agricultural University; Hubei Academy of Agricultural Sciences;
【作者单位】 河南省农业科学院粮食作物研究所; 中国农业大学农业部甘薯生物学与生物技术重点实验室; 湖北省农业科学院粮食作物研究所;
【文献出处】 分子植物育种 , Molecular Plant Breeding, 编辑部邮箱 2018年 11期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 甘薯; 转录组; SSR标记; 聚类分析;
【英文关键词】 Sweetpotato; Transcriptome; SSR markers; Clustering analysis;
【摘要】 利用转录组数据开发SSR标记,是目前较为经济高效的DNA分子标记开发方法。为了开发更多适用于甘薯的SSR标记,本研究在前期对甘薯体细胞杂种KT1及其两个亲本4个干旱胁迫处理的24个样本转录组de novo测序的基础上,对获得的105 959条Unigene中大于等于1 000 bp的FASTA序列进行搜索,共找到12 105个SSR位点。从中筛选设计了200对SSR引物在KT1及其亲本中筛选验证,最终选择了20对多态性较好的引物,对来自不同地区的94份甘薯种质资源进行了群体聚类分析。聚类分析把94份实验材料分为3个亚群,较清晰地区分了不同材料之间的遗传相似性。这些基于甘薯转录组测序开发的SSR标记为甘薯的遗传多样性分析、辅助育种和遗传图谱构建等研究的开展提供了更加丰富的候选标记。
【英文摘要】 Using transcriptome data to deve lop SSR marker is an economical and effective method of DNA molecular marker for the moment. In order to develop more SSR markers suitable for sweetpotato, we searched the FASTA sequences that were equal or longer than 1 000 bp from 105 959 Unigenes obtained based on sequencing the transcription de novo of somatic hybrid KT1 and 24 samples treated with 4 drought stresses in two parents of sweetpotato previously, and 12 105 SSR loci were found. Two hundred pairs of SSR primer...
【基金】 国家自然科学基金项目(U1404316); 国家甘薯产业技术体系项目(CARS-10); 河南省农业科学院自主创新专项基金项目(2017ZC13)共同资助
【更新日期】 2018-07-03
【分类号】 S531
【正文快照】 甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)是重要的粮食、的QTL位点。Kim等(2016)从c DNA文库中开发了饲料、工业原料及新型能源用块根作物,在亚洲、非82个EST-SSR标记,在20个韩国甘薯栽培种中进行洲和拉丁美洲等热带、亚热带、温带地区广为种植,了多态性验证。Si等(2016)从BAC文库中开发

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