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5种高危型HPVE7蛋白B细胞表位的预测  
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【英文篇名】 Prediction of the B cell epitopes of E7 protein from 5 different high-risk HPV subtypes
【下载频次】 ★★★
【作者】 尹小丽; 王学政; 代运章; 张士娥; 朱有名; 鲁艳芹; 韩金祥;
【英文作者】 YIN Xiao-li; WANG Xue-zheng; DAI Yu-zhang; ZHANG Shi-e; ZHU You-ming; LU Yan-qin; HAN Jin-xiang; School of Medicine and Life Sciences; University of Jinan-Shandong; Academy of Medical Sciences; Shandong Medicinal Biotechnology Center; Shandong Academy of Medical Sciences; Qingdao Zhengfangyuanxin Public Health Testing Co.; Ltd.;
【作者单位】 济南大学山东省医学科学院医学与生命科学学院; 山东省医学科学院山东省医药生物技术研究中心; 山东青岛正方元信公共卫生检测有限公司;
【文献出处】 中国病原生物学杂志 , Journal of Pathogen Biology, 编辑部邮箱 2017年 01期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 人乳头瘤病毒; E7蛋白; B细胞表位; 比对; 预测;
【英文关键词】 Human papillomavirus; E7protein; B cell epitopes; alignment; prediction;
【摘要】 目的预测并分析我国人群常见人乳头瘤病毒HPV16、18、33、52与58亚型E7蛋白的线性B细胞表位。方法在NCBI数据库中获取5种高危型HPVE7蛋白氨基酸序列,采用ClustalX2软件进行多序列比对;运用ExPASY服务器SOPMA和GOR4法预测二级结构,采用Kyte-Doolittle方案和Hopp-Wood方案预测亲水性;运用Bepipred和ABCpred软件预测B细胞表位,辅以抗原性指数,综合评判几率较大的B细胞优势表位。结果综合多参数分析,5种HPV亚型的B细胞表位均集中在蛋白质的N端2-50位附近,其中预测的HPV16与52亚型的第16-21位氨基酸序列一致性为100%,均为QPETTD;HPV16型第28-41位(LNDSSEEEDEIDGP)与HPV52型第28-38位(LGDSSDEEDTD)的氨基酸序列一致性为78%;HPV16型第42-50位(AGQADEPRA),HPV33型第31-46位(SSDEDEGLDRP),HPV52型第36-46位(DTDGVDRPDGQ)和HPV58型第73-78位(TTTDVR)为各自的特异B细胞表位。结论生物信息学方法预测5种HPV的B细胞表位...
【英文摘要】 Objectives To predict and analyze the linear B cell epitopes of the E7 protein from 5common subtypes of HPV(16,18,33,52,and 58)and to determined their prevalence in the Chinese population. Methods The amino acid sequences of the E7 protein from 5high-risk HPV subtypes were acquired from GenBank.ClustalX2 software was used for multiple alignment.The secondary structure of the E7 protein of the different HPV subtypes was predicted using the ExPASY server,SOPMA,and GOR4.Hydrophilicity was predicted using the K...
【更新日期】 2017-03-03
【分类号】 R737.33
【正文快照】 人乳头瘤病毒(human papillomaviruses,HPVs)是一类分子长度约8kb的小分子环状双链DNA病毒。HPV病毒基因包括E1、E2、E4、E5、E6和E7 6个早期基因,L1与L2两个晚期基因和一个非编码的长控制区(LCR)[1]。宫颈癌目前是世界上导致女性死亡的第二大癌症[2],研究表明,超过99%的宫颈癌

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