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甘蓝型油菜作图群体亲本基因组及性状QTL密集区变异特点  
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【英文篇名】 Characterization of genome-wide variation in mapping population parents and dense QTL region in Brassica napus
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【作者】 程明星; 童超波; 程晓晖; 刘越英; 刘立江; 柴国华; 黄军艳; 刘胜毅;
【英文作者】 CHENG Ming-xing; TONG Chao-bo; CHENG Xiao-hui; LIU Yue-ying; LIU Li-jiang; CHAI Guo-hua; HUANG Jun-yan; LIU Sheng-yi; Oil Crops Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences/Key Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Oil Crops; Ministry of Agriculture; Hubei University/Hubei Collaborative Innovation Center for Green Transformation of Bio-Resources; Qingdao Institute of Bioenery and Bioprocess Technology; Chinese Academy of Sciences;
【作者单位】 中国农业科学院油料作物研究所/农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室; 湖北大学/生物资源绿色转化湖北省协同创新中心; 中国科学院青岛生物能源与过程研究所;
【文献出处】 中国油料作物学报 , Chinese Journal of Oil Crop Sciences, 编辑部邮箱 2017年 04期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 油菜; 作图群体; 亲本; 基因组变异特点; QTL;
【英文关键词】 Brassica napus; mapping population; parents; genomic variation characteristics; QTL;
【摘要】 为了解作图群体亲本间基因组和密集QTL区的遗传变异,促进QTL定位与克隆,本研究对一个甘蓝型油菜(Brassica napus)重组自交系(recombinant lnbred lines,RIL)群体双亲M083和888-5(二者株高、分枝数、开花时间、菌核病抗性等性状差异显著)的基因组进行深度测序和分析。研究结果表明:在M083和888-5中分别检测到SNP个数为1 941 397和2 046 009,In Del个数为410 961和428 572,结构变异个数为90 384和88 456,拷贝数变异个数为46 655和46 008。对包含开花时间、菌核病抗性、株高等多个性状主效QTL密集的A02染色体进行分析发现,在包括上述性状QTL密集的6.4~6.9Mb的0~8.5Mb基因组区间内,两品系SNPs和In Dels变异数量/密度总体呈相反的趋势;片段丢失也有热点区,888-5和M083均在两个共同区域高频发生,其中一个为QTL密集区;倒位在染色体上的分布虽然也是不均匀的,但两品种间发生区域不同,且与QTL无关。本文关于基因组变异(SNPs、In Dels、除倒位外的结构变异)热点区和QTL密集区重复...
【英文摘要】 To facilitate fine mapping and gene cloning,variations of whole genome and dense QTL regions of Brassica napus were investigated by sequencing 2 parents(M083 and 888-5,with significant differences in plant height,branch numbers,flowering time and resistance to Sclerotinia disease) and their RIL(recombinant inbred line) population. Results showed that M083 and 888-5 genomes had large amount of variants,including1 941 397 and 2 046 009 SNPs,410 961 and 428 572 In Dels,90 384 and 88 456 SVs,46 655 and 46 008 C...
【基金】 国家自然科学基金面上项目(31471536); 农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室开放课题(2016004); 国家863计划(2013AA102602)
【更新日期】 2017-09-08
【分类号】 S565.4
【正文快照】 遗传变异在植物基因组中普遍存在,主要分为:单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)、小于50bp的小片段插入或缺失(insertion-deletion,In Del)和50bp以上的大的结构变异(struc-tural variations,SV)。基因组结构变异的基本类型主要包括:插入(insertion,INS)、缺?

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