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一种碱基精度的肿瘤基因组单体型异质性识别算法  
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【英文篇名】 An Algorithm with Base-Pair Resolution for Identifying Cancer Heterogeneity by Estimating Multiple Clonal Haplotypes
【下载频次】 ★★
【作者】 耿彧; 赵仲孟; 刘建业; 许静; 崔代兵; 萧笑; 王嘉寅;
【英文作者】 GENG Yu; ZHAO Zhongmeng; LIU Jianye; XU Jing; CUI Daibing; XIAO Xiao; WANG Jiayin; School of General Education; Jinzhou Medical University; Department of Computer Science and Technology; Xi'an Jiaotong University; Shaanxi Engineering Research Center of Medical and Health Big Data; State Key Laboratory of Cancer Biology; The Fourth Military Medical University; School of Management;
【作者单位】 锦州医科大学公共基础学院; 西安交通大学计算机科学与技术系; 西安交通大学陕西省医疗健康大数据工程研究中心; 第四军医大学肿瘤生物学国家重点实验室; 西安交通大学管理学院;
【文献出处】 西安交通大学学报 , Journal of Xi'an Jiaotong University, 编辑部邮箱 2017年 06期  
期刊荣誉:中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  中国期刊方阵  CJFD收录刊
【中文关键词】 肿瘤异质性; 子克隆解析; 单体型异质性; 多文库测序数据; 拼接识别算法;
【英文关键词】 cancer heterogeneity; sub-clone deconvolution; haplotype heterogeneity; multi-library sequencing; contig-and-extension algorithm;
【摘要】 针对肿瘤组织的异质性的子克隆解析,提出了一种通过多级子克隆的体细胞突变模式来识别单体型异质性的算法。该算法基于肿瘤组织的多文库测序数据提取文库特征和双末端读段约束,通过对体细胞突变位点的等位基因变异频率进行聚类估算出子克隆数目的一个先验;同时设计了一种拼接识别算法,通过遍历位点对应的读段来拼接单体型序列,拼接出的单体型序列的精度为碱基水平;采用后验概率的最大似然估计解出子克隆的个数、配比及演化关系。仿真实验表明,当基础文库满足一定测序覆盖度时,该算法对单体型异质性的识别精度可达到99%以上,能够取代目前数据分析中常用的两步法,且获得高精确的识别结果。
【英文摘要】 An algorithm for identifying haplotype heterogeneity in cancer genomes is proposed to consider somatic mutational events carried by multiple sub-clones.The algorithm is based on the genomic sequencing data with multiple libraries of tumor tissue and extracts the features from both the multi-library and the constraints of paired-end reads.A priori number of sub-clones is roughly estimated by clustering the allelic variant frequency of each somatic loci.A contig-andextension algorithm is designed,and the hapl...
【基金】 国家自然科学基金资助项目(81400632); 陕西省自然科学基金资助项目(2014JM8350); 中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(GLIJ002)
【更新日期】 2017-06-30
【分类号】 R73-3
【正文快照】 肿瘤异质性是恶性肿瘤的重要特征,主要指肿瘤组织中存在多个子克隆,每个子克隆携带使之具备独特选择优势的体细胞突变等分子遗传学特征[1]。肿瘤异质性是肿瘤组织中子克隆演化的结果,普遍认为其与肿瘤生长、转移、复发、耐药性等密切相关,是非常重要的临床指标。准确估计患者肿

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