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基于遗传片段分析系统的转录起始位点分析技术:从预测到结果评估  
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【英文篇名】 Transcriptional start site analysis based on genetic fragment analysis system:from prediction to data evaluation
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【作者】 黎志凤; 张文燕; 刘杨; 曲绍峰; 王岩; 朱丽萍; 李越中;
【英文作者】 Zhifeng Li; Wenyan Zhang; Yang Liu; Shaofeng Qu; Yan Wang; Liping Zhu; Yuezhong Li; State Key Laboratory of Microbial Technology; College of Life Science; Shandong University; School of Mathematics;
【作者单位】 山东大学生命科学学院微生物技术国家重点实验室; 山东大学数学学院;
【文献出处】 微生物学报 , Acta Microbiologica Sinica, 编辑部邮箱 2017年 02期  
期刊荣誉:中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  中国期刊方阵  CJFD收录刊
【中文关键词】 片段分析系统; 转录起始位点(TSS); 转录丰度; 荧光标记引物; 引物延伸; 粘球菌; GroEL;
【英文关键词】 genetic fragment analysis system; transcriptional start site(TSS); transcriptional abundances; fluorescently labeled primer; primer extension; Myxococcus; GroEL;
【摘要】 【目的】以遗传片段分析仪内标法替代传统放射性标记引物延伸技术进行样本转录起始位点(TSS)分析,并弥补引物延伸技术应用于未知样本缺乏前期预测和后期评估环节,形成一套基于遗传片段分析仪内标法分析未知样品TSS的完整技术方案。【方法】以粘球菌Myxococcus DK1622来源的双拷贝Gro ELs基因为素材;首先从预测出发,利用数据库进行启动子和转录起始位点预测;其次,根据预测结果设计合成荧光标记引物进行靶标m RNA的反转录;再次,应用遗传片段分析技术内标法鉴定分析粘球菌来源的双拷贝Gro ELs基因转录起始位点(TSS)及其丰度;最后,应用正态分布理论进行鉴定结果评估。【结果】明确了转录起始位点的数量、转录丰度及最可能的TSS位点:粘球菌DK1622基因组中Gro EL1拷贝存在1个启动子,TSS位点为TSS_(286);Gro EL2拷贝存在2个启动子,TSS位点分别为TSS_(548)和TSS_(502),其中TSS_(548)转录丰度是TSS_(502)的13.8倍,Gro EL1的TSS_(286)丰度是gro EL2的TSS_(548)丰度的14.3倍。【结论】预测结果指明了实验设计的范围,遗传...
【英文摘要】 [Objective] To establish a pipeline for unknown transcriptional start site(TSS) identification without radioactivity,we used genetic fragment analysis system and replenished two steps regarding prediction and evaluation.[Methods] We used unknown TSSs of Gro EL genes from M.xanthus as a case.Firstly,we predicted the potential TSSs through bioinformatics databases.According to the prediction,we designed and synthesized fluorescence labeled primers to carry out the reverse transcription reactions.Further,we to...
【基金】 国家自然科学基金(31370123,30900027); 高等学校博士学科点专项科研基金(200804221017); 山东大学实验室建设软件项目(sy2008023)~~
【更新日期】 2017-03-09
【分类号】 Q78
【正文快照】 基因转录起始位点(Transcription start site,TSS)分析是遗传学研究的经典内容[1-2]。相关工作对了解并进一步研究基因的表达和调控机制有重术[1-3]。引物延伸法基本原理是:待测基因m RNA与过量的5?末端标记的互补DNA引物杂交,引物在反转录酶作用下进行延伸,直到TSS终止,通引物

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