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黏质沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息学分析  
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【英文篇名】 Bioinformatics analysis of plaA and plaS in Serratia marcescens
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【作者】 王莹; 王洲; 章勤; 王青青; 蒋澜; 吴璇; 丁恒武; 刘必融; 薛正莲; 阚显照;
【英文作者】 WANG Ying; WANG Zhou; ZHANG Qin; WANG Qing-qing; JIANG Lan; WU Xuan; DING Heng-wu; LIU Bi-rong; XUE Zheng-lian; KAN Xian-zhao; The Institute of Bioinformatics; College of Life Sciences; Anhui Normal University; College of Biological and Chemical Engineering; Anhui Engineering University;
【作者单位】 安徽师范大学生命科学学院生物信息研究所; 安徽工程大学生物与化学工程学院;
【文献出处】 生物学杂志 , Journal of Biology, 编辑部邮箱 2017年 06期  
期刊荣誉:中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 磷脂酶A1基因; 辅助蛋白基因plaS; 沙雷氏菌; 系统发育;
【英文关键词】 phospholipase A1; accessory protein gene plaS; Serratia; phylogeny;
【摘要】 磷脂酶A1是一类水解磷脂的酶类,利用生物信息学方法对磷脂酶A1基因及辅助蛋白基因进行分析,为进一步研究磷脂酶提供基础。通过对黏质沙雷氏菌plaA(Phospholipase A1)及plaS(accessory protein)进行克隆和测序,对其核苷酸序列和氨基酸序列特征进行分析;对其蛋白质二级结构、三级结构进行了预测;同时运用ML、MP和BI 3种方法构建了系统发育树。结果表明,plaS的dN/dS的值较plaA高,所受的选择压力较小,进化速率较快;Pla A蛋白和Pla S蛋白的二级结构都以α螺旋和无规则卷曲为主;plaA与plaS联合构建的系统发育树支持率较16S单独构建的支持率高。基于plaA、plaS和16S 3个基因联合构建的系统发育树中,解脲沙雷氏菌和嗜线虫沙雷氏菌都与黏质沙雷氏菌聚为一支,在亲缘关系上,这两种沙雷氏菌可能跟黏质沙雷氏菌更为接近。
【英文摘要】 Phospholipase A1( plaA) is an enzyme that hydrolyzes phospholipids. We used bioinformatics methods to analyze plaA and its accessory protein gene( plaS),which will provide a basis for further study of phospholipase. We cloned and sequenced the plaA and plaS of Serratia marcescens,and the characteristics of nucleotide and amino acid sequence were analysed. Furthermore,we also predicted the secondary structure and tertiary structure of Pla A and Pla S protein. Phylogenetic trees were reconstructed using maxim...
【基金】 国家自然科学基金(NO.31471615)
【更新日期】 2018-01-02
【分类号】 Q811.4;Q93
【正文快照】 磷脂酶A1是一类水解磷脂sn-1位酰基的酶类[1],广泛存在于自然界,在动物[2-4]、植物[3,5]和微生物中均有发现。含有磷脂酶A1的微生物主要包括耶和森菌[6]、微白黄链霉菌[7]、曲霉菌[8]、假单胞杆菌[9]和沙雷氏菌[10-12]等。磷脂酶A1主要应用于食品、制药和生物燃料产业[13]。磷?

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