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全基因组预测糙皮侧耳经典胞外分泌蛋白  
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【英文篇名】 Prediction for Secreted Proteins from Pleurotus ostreatus Genome
【下载频次】 ★★☆
【作者】 谢纯良; 龚文兵; 严理; 朱作华; 胡镇修; 彭源德;
【英文作者】 XIE Chun-liang; GONG Wen-bing; YAN Li; ZHU Zuo-hua; HU Zhen-xiu; PENG Yuan-de; Institute of Bast Fiber Crops; Chinese Academy of Agricultural Sciences;
【作者单位】 中国农业科学院麻类研究所;
【文献出处】 生命科学研究 , Life Science Research, 编辑部邮箱 2017年 06期  
期刊荣誉：ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 糙皮侧耳; 分泌蛋白; 木质纤维素降解; 信号肽; 预测程序;
【英文关键词】 Pleurotus ostreatus; secreted protein; ligocellulose degradation; signal peptide; prediction algorithm;
【摘要】 糙皮侧耳(平菇)作为目前木质纤维素降解模式真菌,其产生的胞外分泌蛋白在植物纤维素、半纤维素及木质素降解过程中发挥着重要作用。为了给蛋白质组学鉴定糙皮侧耳胞外分泌蛋白实验提供参考,利用常见的生物信息学工具SignalP、ProtComp、TMHMM、big-PI Fungal Predictor和TargetP对糙皮侧耳全基因组中的12 186条蛋白质序列进行经典分泌蛋白预测,同时,对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度和切割位点以及其理化性质等进行分析。结果表明,糙皮侧耳全基因组中含有359个经典分泌蛋白,其氨基酸长度主要集中于101~600之间;信号肽长度集中在18~21之间;信号肽切割位点属于A-X-A类型,除此之外还含有5条具有RR-motif的信号肽。对这些分泌蛋白进行功能注释,结果表明225个蛋白质为未知功能蛋白质;114个为已知功能蛋白质,主要功能注释集中于木质纤维素降解酶类,包括纤维素酶、半纤维素酶、木质素降解相关酶等。以上结果表明通过上述生物信息学分析实现了对糙皮侧耳全基因组经典分泌蛋白的有效预测。
【英文摘要】 Pleurotus ostreatus is the model fungi for lignocellulose degradation. The secretory proteins produced by P. ostreatus play an important role in the degradation of plant cellulose, hemicellulose and lignin.In order to provide a reference for proteomic profiles of P. ostreatus to identify the secretory proteins, common bioinformatics tools such as SignalP, ProtComp, TMHMM, big-PI Fungal Predictor and TargetP were used to predict the secretory proteins. A total of 12 186 protein sequences were detected in P. ...
【基金】 国家自然科学基金青年科学基金(31600668); 中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP-2017-IBFC-08)
【更新日期】 2018-02-13
【分类号】 S646.14
【正文快照】 图1糙皮侧耳分泌蛋白的确定方法Fig.1 Methods used to identify secreted proteins in P.ostreatus糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)又名平菇,是世界上栽培最广泛的食用菌。糙皮侧耳生长发育期间可向培养基中分泌多种胞外酶,主要有纤维素酶、半纤维素酶、淀粉酶、漆酶、愈创木酚

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