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鉴定cyclic di-GMP效应蛋白:高通量筛选策略与实验验证方法  
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【英文篇名】 Identification of cyclic di-GMP protein receptors:high-throughput screening strategies and experimental verification
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【作者】 程寿廷; 王芳芳; 钱韦;
【英文作者】 Shouting Cheng; Fangfang Wang; Wei Qian; State Key Laboratory of Plant Genomics; Institute of Microbiology; Chinese Academy of Sciences; Institute of Genetics and Developmental Biology;
【作者单位】 中国科学院微生物研究所植物基因组学国家重点实验室; 中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因组学国家重点实验室;
【文献出处】 生物工程学报 , Chinese Journal of Biotechnology, 编辑部邮箱 2017年 09期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 环二鸟苷酸单磷酸; 二鸟苷酸环化酶; 磷酸二酯酶; 效应蛋白; 生物被膜;
【英文关键词】 cyclic di-GMP; diguanylate cyclase; phosphodiesterase; effector; biofilm;
【摘要】 环二鸟苷单磷酸(cyclic di-GMP或c-di-GMP)是细菌细胞中广泛存在的第二信使,调控细菌生物被膜发育、致病力、运动性、胞外多糖产生及细胞周期在内的诸多重要生理表型。c-di-GMP通过结合多种类型的效应子(包括核糖开关或效应蛋白)来发挥调控功能。由于c-di-GMP分子在构象上具有多变性,其结合的效应子同样具有多样性。新型效应蛋白的筛选、鉴定是当前细菌信号转导领域的研究热点和难点,也是解析c-di-GMP调控机制的首要环节。本文在阐述c-di-GMP结合不同类型的效应蛋白并调控细菌生物被膜发育的基础上,综述了目前筛选c-di-GMP效应蛋白的方法,包括遗传筛选、亲和色谱结合质谱鉴定、DRa CALA系统鉴定以及基于分子对接的预测等。同时,对验证c-di-GMP效应蛋白的技术,如等温微量热滴定、表面等离子共振、微量热泳动在内的多种验证方法进行了总结,对比了这些策略和方法在应用上的优、缺点,为在细菌及其真核宿主基因组水平鉴定c-di-GMP效应蛋白的研究提供参考。
【英文摘要】 cyclic di-GMP(c-di-GMP) is a universal second messenger in bacterial cells. It regulates various biological processes such as biofilm development, pathogenicity, motility, exopolysaccharide(EPS) production and cell cycle. The second messenger exerts its function by binding to effectors, such as riboswitches and proteins. However, due to the diverse conformations of c-di-GMP, its effectors are hardly to be predicted by homology search. Identification of c-di-GMP effectors is the initial step to investigate i...
【基金】 国家自然科学基金(Nos.31400071,31370127)资助~~
【更新日期】 2017-10-17
【分类号】 Q75
【正文快照】 Received:April 28,2017;Accepted:June 12,2017Supported by:National Natural Science Foundation of China(Nos.31400071,31370127).Corresponding author:Wei Qian.Tel:+86-10-64806063;E-mail:qianw@im.ac.cn程寿廷,王芳芳,钱韦.鉴定cyclic di-GMP效应蛋白:高通量筛选策略

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