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基于Illumina高通量测序的岩原鲤转录组分析  
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【英文篇名】 Transcriptome Analysis of Procypris rabaudi Using Illumina High-throughput Sequencing Approach
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【作者】 赵刚; 龚全; 刘亚; 赖见生; 陈叶雨; 杜军;
【英文作者】 ZHAO Gang; GONG Quan; LIU Ya; LAI Jian-sheng; CHEN Ye-yu; DU Jun; Fishery Institute of Sichuan Academy of Agricultural Sciences;
【作者单位】 四川省农业科学院水产研究所;
【文献出处】 西南农业学报 , Southwest China Journal of Agricultural Sciences, 编辑部邮箱 2016年 07期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 高通量测序; 岩原鲤; 转录组;
【英文关键词】 High-throughput sequencing; Procypris rabaudi; Transcriptome;
【摘要】 为获得岩原鲤转录组信息,发掘功能基因,本研究采用Illumina高通量测序技术对岩原鲤全组织转录组进行测序。结果获得64 257 918个EST序列,经拼接和组装得到83 252条单基因序列(unigene),平均长度787 bp,长度范围201~16 572 bp。利用NCBI的蛋白质非冗余数据库(Nr)对所有unigene进行相似性搜索,共有37 157条unigene(44.63%)与数据库中的已知序列同源。利用Blast2GO v2.5软件对unigene进行注释,共得到29 919条(35.93%)注释基因,根据GO功能分类将其分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类。经KOG注释及分类,共有17 869条(21.49%)unigene成功注释到真核直系同源组中,并将其分为26个功能组分。经KEGG代谢通路分析可分为5大类(细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、代谢和有机系统)32小类共267个代谢通路。本研究通过高通量测序技术,对岩原鲤转录组进行测序,获得了大量的转录组信息,为岩原鲤功能基因克隆及基因组学研究提供了基础。
【英文摘要】 The transcriptome of the Procypris rabaudi'whole tissues was sequenced using Illumina high-throughput sequencing approach in order to investigate useful information of P.rabaudi transcriptome and discover functional genes.We obtained a total of 64 257 918 expressed sequence tags and 83 252 unigenes which ranged from 201 to 16 572 bp,with an average length of 787 bp.By similar searches based on Nr database,overall 37 157 unigenes( 44.63 %) were found orthologous to known protein sequences.29 919( 35.93 %) un...
【基金】 岩原鲤种质资源的分子遗传学研究(2013GXJS-010)
【更新日期】 2016-08-26
【分类号】 S917.4
【正文快照】 岩原鲤(Procypris rabaudi)隶属鲤形目(Cyprini-formes),鲤科(Cyprinidae),鲤亚科(Cyprininae),原鲤属(Procypris),是长江上游名贵土著经济鱼类,目前主要分布于宜昌以上的四川及重庆境内长江水系的干支流中,尤其以嘉陵江和岷江盛产此鱼[1-2]。但由于过度捕捞,下游大坝建设造成?

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