RNA结合蛋白通过特异识别RNA底物发挥重要的生物学作用。指数富集的配体系统进化(Systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)技术是一种体外筛选核酸底物的基本方法,SELEX技术通过重复多轮筛选从随机核酸序列库中筛选出特异性与靶物质高度亲和的核酸底物,本研究将利用该技术与二代高通量测序(NGS)相结合,体外合成含有20个随机碱基的RNA文库,将所要研究的蛋白构建到带有可被链亲和酶素磁珠捕获的SBP标记的载体上去,显著提高筛选效率,仅需1轮筛选即可获得所需RNA底物motif。通过该方法获得了人的hn RNP A1的UP1结构域特异识别AGG和AG二种RNA序列,并通过EMSA实验证实其可以与获得的RNA motif结合。这一方法的建立对于研究RNA结合蛋白识别底物的序列特异性,并进一步了解其在生物体内的调控机制有重要意义。
【英文摘要】
RNA-binding protein exerts important biological function by specifically recognizing RNA motif. SELEX(Systematic evolution of ligands by exponential enrichment), an in vitro selection method, can obtain consensus motif with high-affinity and specificity for many target molecules from DNA or RNA libraries. Here, we combined SELEX with next-generation sequencing to study the protein-RNA interaction in vitro. A pool of RNAs with 20 bp random sequences were transcribed by T7 promoter, and target protein was ins...
【更新日期】
2016-08-03
【分类号】
Q78
【正文快照】
SELEX技术是Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment的缩写,即指数富集的配体系统进化技术。该技术根据DNA/RNA结合蛋白的能力,从随机的DNA/RNA文库中找到高亲和力的DNA/RNA[1-3]。1990年,Tuerk等[4]应用该技术从人工构建的随机寡核苷酸文库中筛选到能特异
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