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【英文篇名】 |
Screening Trichome-related Functional Genes Using Difference of Transcriptome and Trichome Density Among Arabidopsis thaliana Populations |
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【下载频次】 |
★★★★★ |
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【作者】 |
薛思鸣;
成丹;
解洪杰;
何宝叶;
强胜; |
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【英文作者】 |
XUE Si-Ming;
CHENG Dan;
XIE Hong-Jie;
HE Bao-Ye;
QIANG Sheng;
Weed Research Laboratory;
Nanjing Agricultural University; |
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【作者单位】 |
南京农业大学杂草研究室; |
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【文献出处】 |
农业生物技术学报
, Journal of Agricultural Biotechnology, 编辑部邮箱
2016年 08期
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览 ASPT来源刊 CJFD收录刊 |
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【中文关键词】 |
转录组;
数量性状;
相关分析;
表皮毛;
功能基因; |
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【英文关键词】 |
Transcriptome;
Quantitative trait;
Correlation analyses;
Trichome;
Functional gene; |
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【摘要】 |
如何利用基因组、转录组以及代谢组学等海量信息确定基因功能,并阐述其调控机制是生命科学研究领域的核心内容之一。本研究利用种群间数量性状遗传变异与相应基因表达量差异之间的关联性,尝试一种功能基因筛选的快速方法,首先利用已经发表的拟南芥(Arabidopsis thaliana)生物信息数据,运用线性相关模型,根据拟南芥种群遗传变异导致的叶片表皮毛数量性状差异和对应种群基因表达量差异的相关性,筛选与表皮毛性状功能相关的基因,从33 554个基因中共筛选到1 747个相关基因,其中负相关基因195个,正相关基因1 552个。对筛选基因集合进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析,结果表明,筛选到的基因主要富集于植物防御、先天免疫、胁迫反应、茉莉酸刺激应答、机械损伤反应和芥子油苷代谢等生物功能,特别筛选到和表皮毛发育及其防御代谢物分泌有关的基因,如诱导叶片表皮毛分化起始的MYB结构域蛋白基因MYB23,对叶片表皮毛发育具有重要影响的缺陷表皮毛因子1(distorted trichomes 1,DIS1),参与吲哚芥子油苷合成的细胞色素P450家族蛋白基因(cytochrome P450 family 8... |
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【英文摘要】 |
How to confirm the functions of the genes and their regulation mechanisms by the massive information such as genome, transcriptome and the metebolomics is one of the core tasks in the field of life science. In present study, to make use the biological information data published in databases of Arabidopsis thaliana, the trichome related functional genes were screened based on the correlation between the difference of leaf trichome density variations and expression level differences of relevant genes among 31... |
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【基金】 |
国家自然科学基金(No.31572066);
转基因生物研究与商业化重大专项(No.2016ZX08011-001);
教育部高等学校博士点基金优先发展领域课题(No.20130097130006) |
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【更新日期】 |
2016-08-03 |
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【分类号】 |
Q943.2 |
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【正文快照】 |
农作物许多形态特征及其产量、食用品质、饲用品质和抗逆性等大多数性状都是一些数量性状(喻树迅,袁有禄,2002),数量性状有关基因的筛选一直以来都是作物遗传育种的研究热点。在性状有关基因的研究中,全基因组关联(genome-wide as-sociation,GWAS)是一种主要发掘有效等位基因的 |
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