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基于AVX指令集BWT算法在DNA序列比对中应用  
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【英文篇名】 BWT algorithm based on AVX instructions in the application of the DNA sequence alignment
【下载频次】 ★★☆
【作者】 孙红敏; 杜博雅; 郑萍; 李东野; 曹延杰; 侯星辰;
【英文作者】 SUN Hongmin; DU Boya; ZHENG Ping; LI Dongye; CAO Yanjie; HOU Xingchen; School of Electrical and Information; Northeast Agricultural University; School of Computer Science and Technology; Wuhan University of Technology;
【作者单位】 东北农业大学电气与信息学院; 武汉理工大学计算机科学与技术学院;
【文献出处】 东北农业大学学报 , Journal of Northeast Agricultural University, 编辑部邮箱 2016年 11期  
期刊荣誉:中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 序列比对; AVX指令集; BWT算法; 并行优化;
【英文关键词】 sequence alignment; AVX instruction; BWT index; parallel optimization;
【摘要】 新一代高通量测序技术发展产生大规模DNA序列片段,快速准确地将短序列比对到参考基因组成为生物信息学重要研究课题之一。针对BWT索引技术序列比对算法研究,提出基于Intel微架构AVX指令集优化BWT算法,通过改进计算方式实现算法并优化。结果表明,应用AVX指令集可减少CPU访存次数,降低算法时间复杂度,提高序列比对效率,为基因数据分析提供更高效快速序列比对方法,加快对全基因组序列处理。
【英文摘要】 The development of new generation of high throughput sequencing technology had produced large-scale DNA sequence fragments, how to quickly and accurately match to the reference genome had become one of the important research topics in bioinformatics. According to the sequence alignment algorithm of BWT index, new BWT algorithm based on Intel micro architecture was proposed to optimize the AVX instruction set, improved computation method to achieve parallel optimization algorithm. The results showed that the...
【基金】 国家“863计划”项目(2013AA10230304)
【更新日期】 2017-01-16
【分类号】 Q811.4;TP311.13
【正文快照】 随着新一代测序平台(NGS)广泛使用,测序通量高、时间和成本下降使DNA序列数据显著增加,产生TB级测序片段。快速准确地将大规模DNA序列比对到参考基因组上成为生物信息学亟待解决难题[1]。将短序列与参考基因组序列比对并在参考基因组上定位,根据比对结果分析预测序列间相似性,?

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