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基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究

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【英文篇名】	Density and characterization of EST-SSR in tea(Camellia sinensis) bud and leaf transcriptome
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【作者】	陈琪; 杨华; 韦朝领; 张正竹; 宛晓春;
【英文作者】	CHEN Qi; YANG Hua; WEI Chaoling; ZHANG Zhengzhu; WAN Xiaochun; State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization; Anhui Agricultural University; School of Science;
【作者单位】	安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室; 安徽农业大学理学院;
【文献出处】	安徽农业大学学报 , Journal of Anhui Agricultural University, 编辑部邮箱 2016年 02期期刊荣誉：ASPT来源刊中国期刊方阵 CJFD收录刊
【中文关键词】	茶树; 微卫星; 芽叶转录组;
【英文关键词】	Camellia sinensis; microsatellites; transcriptome of bud & leaf;
【摘要】	采用生物信息学方法对茶树(Camellia Sinensis)叶部不同发育阶段(单芽/三叶)转录组中的EST-SSR位点信息进行分析,以期为茶树分子标记辅助育种提供有效的参考。利用SSRFINDER软件,对茶树芽叶转录组的高通量测序获得的97454条Unigenes序列(100.91Mb)进行大通量SSR位点的筛选,共获得36249个SSR位点,分布于27913条Unigenes序列中,其发生频率为28.64%,平均分布密度为1/2.78 kb。在茶树芽叶的转录组序列中共发现962种碱基重复基元,其中占主导的是以(AG/CT)n为主(占总SSRs的23.78%)的二核苷酸重复,占到总SSRs的59.19%,其次是三核苷酸和单核苷酸重复,其占比分别为20.92%和13.13%。茶树芽叶转录组所含不同重复基元SSRs的平均长度,相对全器官转录组较短,其中占比最高的是重复长度为18 bp的中长重复序列,占到总SSRs的23.37%,而大于25 bp的较长序列重复极少。同时对茶树不同器官转录组测序的SSR分布特性进行了分析比较,以期为后续的分子标记开发提供参考。
【英文摘要】	Bioinformatics method is used to analysis the EST-SSR loci in different development stages of leaf(Single bud & 3rd leaf) transcriptome of tea plant(Camellia Sinensis), in order to provide effective reference for the tea plant molecular marker assisted breeding. In total 97454 unigenes(100.91 Mb)derived from deep sequencing of camellia sinensis bud and 3rd leaf transcriptome were used for the development of functional microsatellites or simple sequence repeats(EST-SSRs) molecular markers. 36249 SSRs were sc...
【基金】	安徽省科技专项(13Z03012); 安徽省创新型省份建设专项(15CZS08032); 国家自然科学基金(31500566)共同资助
【更新日期】	2016-05-17
【分类号】	S571.1
【正文快照】	茶叶(Camellia sinensis)作为世界三大饮料之一,是一类重要的经济型栽培作物,在我国栽培历史悠久,品种资源丰富,目前在生产上以无性系地方品种推广程度较高。如何结合区域特性推进育种进程,提高品种选育效率和质量,加快优良新品种的研发成为茶树育种工作者的重要任务。DNA分子?

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