丙型肝炎病毒1a、1b和2a型E1E2原核质粒的构建和序列分析

【摘要】 目的构建陕西地方株丙型肝炎病毒(HCV)1a、1b和2a型包膜糖蛋白E1E2的原核质粒并测序比对。方法采用逆转录-巢式聚合酶链反应(RT-nest PCR)扩增获得HCV 1a、1b和2a型E1E2片段,与p MD-18 simple vector连接,转化感受态细菌DH5α,小量提取质粒DNA并测序。测序结果与Gene bank中其他标准序列比对以获取同源性数据。同时重点分析E2蛋白高变区(HVR)1和2氨基酸序列。MEGA 4软件绘制种系进化树图。结果成功扩增约2 kb的目的片段并构建原核质粒,测序结果正确。1b亚型E1E2的核苷酸和氨基酸序列的同源性最差。HCV E2的HVR1和2的序列比对显示,同种基因亚型在HVR 1的变异性最大,而HVR 2的序列变异性不显著。不同基因亚型的毒株在HVR 1和2的变异性极大,而1b亚型在HVR 1和2的变异性比1a和2a型突出。结论陕西地方株HCV 1b型E1E2区比1a和2a型更易发生突变,1b型E2的HVR变异性更显著。更多还原