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淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二级结构及其B细胞和T细胞表位分析  
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【英文篇名】 Analysis of the secondary structure and B cell and T cell epitopes of the outer membrane protein PorB of Neisseria gonorrhoeae
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【作者】 刘银凤; 张莉; 李海龙; 张雷;
【英文作者】 LIU Yin-feng; ZHANG Li; LI Hai-long; ZHANG Lei; Integrated Laboratory of Pathogenic Biology; School of Preclinical Medicine; Dali University;
【作者单位】 大理学院基础医学院病原生物学综合实验室;
【文献出处】 中国病原生物学杂志 , Journal of Pathogen Biology, 编辑部邮箱 2015年 03期  
期刊荣誉:中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 淋病奈瑟菌; ProB蛋白; T细胞表位; B细胞表位; 生物信息学;
【英文关键词】 Neisseria gonorrhoeae; PorB protein; T cell epitope; B cell epitope; bioinformatics;
【摘要】 目的分析淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB的二级结构及其潜在的优势B细胞和T细胞抗原表位。方法应用在线工具TMHMM对PorB全长氨基酸序列进行跨膜区域分析,利用EXPASY服务器上的GOR4和SOPMA工具预测PorB的二级结构,通过DNAStar软件Protean模块的Karplus-Schulz、Kyte-Doolittle、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析PorB蛋白的柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性,以综合预测其优势B细胞表位。选择常见的HLA基因型,并兼顾小鼠H2-Ed、Ek限制性,利用SYFPEITHI软件以多肽氨基酸是否为锚定残基、辅助残基或优势残基进行记分,选择得分高的肽段作为候选T细胞表位,采用NetMHC-Ⅱ软件以肽段分子与MHC分子的亲和力为依据,判断肽段的抗原性,综合SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件分析结果以确定T细胞抗原表位存在的可能区域。结果 PorB蛋白的N端第1-20氨基酸为跨膜区,第20以后的氨基酸则位于膜外;PorB的二级结构以无规则卷曲为主,亦可见α螺旋和β折叠;根据其柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性特征综合分析,PorB优势B细胞表位可能存在于氨基...
【英文摘要】 Objective To analyze the secondary structure and dominant B cell and T cell epitopes of the outer membrane protein PorB of Neisseria gonorrhoeae. Methods The transmembrane domain of the full-length amino acid sequence of PorB was analyzed using the online tool TMHMM,its secondary protein structure was predicted with the help of the GOR4 and SOPMA tools on the EXPASY server,and the flexibility,hydrophilicity,surface accessibility,and antigenicity of the PorB protein were analyzed with the Karplus-Schulz meth...
【基金】 云南省科技厅科学研究基金项目(No.2009ZC123M)
【更新日期】 2015-06-09
【分类号】 R378.16
【正文快照】 ***II software.Conclusion T and B cell epitopes of PorB protein were analyzed by means of a bioinformatics approach.Tcell epitopes are possibly present at amino acids 18-32,126-142,and 186-200and B cell epitopes are possibly presentat amino acids 165-175,

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