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利用AIMs分析亚洲9个绵羊群体的群体结构  
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【英文篇名】 Population Structure of 9 Asian Sheep Populations Inferred by AIMs
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【作者】 张媛媛; 韩德平; 邓卫东; 毛华明; 邓学工; 邓学梅;
【英文作者】 ZHANG Yuan-Yuan; HAN De-Ping; DENG Wei-Dong; MAO Hua-Ming; DENG Xue-Gong; DENG Xue-Mei; National Engineering Laboratory for Animal Breeding; China Agricultural University; College of Animal Science and Technology; Yunnan Agricultural University; College of Science; Northeastern University;
【作者单位】 中国农业大学畜禽育种国家工程实验室; 云南农业大学动物科技学院; 东北大学理学院;
【文献出处】 生物化学与生物物理进展 , Progress in Biochemistry and Biophysics, 编辑部邮箱 2015年 07期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  中国期刊方阵  CJFD收录刊
【中文关键词】 祖先信息标记; 绵羊; 群体结构; 主成分分析; 祖先成分推断; 遗传分化系数;
【英文关键词】 AIMs; sheep; population structure; principal component anlysis; ancestry inference; Fst;
【摘要】 祖先信息标记(ancestry informative makers,AIMs)可用来分析群体的遗传结构.本研究利用Illumina Ovine SNP50芯片上的SNP位点,在云南乌骨绵羊和其他8个亚洲绵羊群体中以Rosenberg等定义的Informativeness统计量为筛选方法,选取Informativeness值最高的前20、50、100、500个SNP位点与相应数目的随机SNP位点分别用来推断群体的遗传结构.通过主成分分析和用fast STRUCURE推断祖先成分的方法,评价AIMs在推断亚洲绵羊群体遗传结构中的作用.研究显示,利用筛选到的高信息含量标记AIMs,可减少群体结构研究中需要的SNP位点数目.前50个AIMs可有效地将绵羊群体分为4个大类,这与利用全基因组SNPs分析得到的群体结构是一致的,即乌骨绵羊群体blackbone单独为一类、西藏群体changthangi和tibetan归为一类,孟加拉的banglandeshi、banglandeshi Garole群体和印度的Indian Garole群体归为一个类群,其余三个群体(印度尼西亚sumatran、garut群体和印度的dec...
【英文摘要】 Ancestral information Markers(AIMs) can be utilized for analysis of population genetic structure.In this study,AIMs were selected from Illumina Ovine SNP50 chip in blackbone sheep and other eight kinds of Asian sheep populations by Informativeness-statistic defined by Rosenberg.Then subsets of 20,50,100,500 SNPS loci with higher Informativeness value and the corresponding number of random SNP loci were used to infer the population genetic structure,respectively.Principal component analysis(PCA) and fast STR...
【基金】 国家自然科学基金(U1136605); 教育部博士点基金(20120008110049); 国家转基因重大专项(2011ZX08009-001)资助项目~~
【更新日期】 2015-08-06
【分类号】 S826
【正文快照】 3)云南农业大学动物科技学院,昆明650201)群体结构是在进行遗传关联研究中值得关注的一个重要问题,实验群体中混入不同祖先来源的个体,会导致case和control之间的等位基因频率出现偏差,因而造成表型与基因型之间出现异常的关联,或者检测不到正确的关联.特别是在大群体中对低风?

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