中国学术期刊网络出版总库
  关闭
基于近邻传播的时间序列基因表达谱聚类算法  
   推荐 CAJ下载 PDF下载
【英文篇名】 A cluster Algorithm for Time-course Gene Expression Profile Based on Affinity Propagation
【下载频次】 ★★★☆
【作者】 周运; 徐久成; 徐存拴;
【英文作者】 ZHOU Yun; XU Jiucheng; XU Cunshuan; College of Life Science; Henan Normal University; Key Laboratory for Cell Differentiation Regulation; College of Computer and Information Engineering;
【作者单位】 河南师范大学生命科学学院; 河南师范大学省部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地; 河南师范大学计算机与信息工程学院;
【文献出处】 河南师范大学学报(自然科学版) , Journal of Henan Normal University(Natural Science Edition), 编辑部邮箱 2015年 06期  
期刊荣誉:中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  CJFD收录刊
【中文关键词】 近邻传播; 时间序列; 反向相关; 瞬时相关; 基因表达谱;
【英文关键词】 affinity propagation; time-course; invert correlation; transient correlation; gene expression prolife;
【摘要】 聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时间序列基因表达谱数据,提出一种基于近邻传播和动态规划的相似性度量方法和聚类算法.在大鼠再生肝细胞基因表达谱数据集上的聚类结果与基因功能富集分析结果高度一致,证明算法在时间序列基因表达谱数据聚类上的有效性.
【英文摘要】 Clustering is an effective method used to identify key gene regulation modules from time-course gene expression data.An important problem in clustering is similarity measure between gene expression profiles.However,general similarity measurement methods are not suitable for gene expression data with time delay,invert correlation and transient correlation feature.Since temporal feature reflect complex regulation relationships between genes,a similarity measurement method for timecourse gene expression data a...
【基金】 国家973前期研究专项基金(2012CB722304); 河南省基础与前沿计划研究项目(122300410355)
【更新日期】 2015-12-24
【分类号】 TP311.13
【正文快照】 随着生物高通量技术的广泛应用和微阵列芯片成本的不断降低,产生了大量的时间序列基因表达谱数据,为揭示基因表达和精确调控提供了可能.时间序列基因表达谱数据分析的一个重要任务是识别基因功能模块,如转录因子及其调节的靶基因等,为后续的实验和定量分析提供重要的参考[1].聚

xxx
【读者推荐文章】中国期刊全文数据库 中国博士学位论文全文数据库 中国优秀硕士学位论文全文数据库
【相似文献】
中国期刊全文数据库
中国优秀硕士学位论文全文数据库
中国博士学位论文全文数据库
中国重要会议论文全文数据库
中国重要报纸全文数据库
中国学术期刊网络出版总库
点击下列相关研究机构和相关文献作者,可以直接查到这些机构和作者被《中国知识资源总库》收录的其它文献,使您全面了解该机构和该作者的研究动态和历史。
【文献分类导航】从导航的最底层可以看到与本文研究领域相同的文献,从上层导航可以浏览更多相关领域的文献。

工业技术
  自动化技术、计算机技术
   计算技术、计算机技术
    计算机软件
     程序设计、软件工程
      程序设计
       数据库理论与系统
  
 
  CNKI系列数据库编辑出版及版权所有:中国学术期刊(光盘版)电子杂志社
中国知网技术服务及网站系统软件版权所有:清华同方知网(北京)技术有限公司
其它数据库版权所有:各数据库编辑出版单位(见各库版权信息)
京ICP证040431号    互联网出版许可证 新出网证(京)字008号