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凝胶条带内DNA回收测序评估DGGE可靠性  
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【英文篇名】 ASSESSING THE RELIABILITY OF DGGE BY RETRIEVING AND SEQUENCING DNA FRAGMENTS IN GEL BANDS
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【作者】 倪加加; 余育和;
【英文作者】 NI Jia-Jia; YU Yu-He; Key Laboratory of Biodiversity and Conservation of Aquatic Organisms; Institute of Hydrobiology; Chinese Academy of Sciences; University of Chinese Academy of Sciences;
【作者单位】 中国科学院水生生物研究所; 中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室; 中国科学院大学;
【文献出处】 水生生物学报 , Acta Hydrobiologica Sinica, 编辑部邮箱 2014年 03期  
期刊荣誉：中文核心期刊要目总览  ASPT来源刊  中国期刊方阵  CJFD收录刊
【中文关键词】 DGGE可靠性指数; DNA指纹; 变性梯度凝胶电泳; 微生物群落结构;
【英文关键词】 DGGE reliable index; DNA fingerprinting; Denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE); Microbial community structure;
【摘要】 为了评估DGGE的可靠性,对DGGE条带中回收的DNA片段进行了测序比较分析,并引入了DGGE可靠性指数的概念评价其可靠性。结果显示同一条DGGE条带回收的DNA来自同一属的概率为64.7%,相同位置的DGGE条带可以被认为是同一OTU;不同的DGGE条带回收到类似的DNA序列(16S rDNA V3区差异小于4 bp)的概率为10.5%;DGGE可靠性指数为74.8%。以上结果表明尽管DGGE技术与理论预期存在一定的差距,但是DGGE技术基本能够反映微生物群落的多样性。
【英文摘要】 To assess the reliability of DGGE,the V3 region fragments of prokaryotic 16S rDNA sequences were amplified by PCR and separated by DGGE with 40%—70% denaturing gradient in present study,and the differences of DNA sequences retrieved from DGGE bands were compared,and the concept of DGGE reliable index(RI) that was calculated by the equation RI =(Nss – Nsd + Ndd – Nds)/Ns,was introduced.The results showed that the probability of a single band retrieving similar sequences(the sequence diversity of the V3 regio...
【基金】 国家重点基础研究发展计划(2009CB118705); 国家自然科学基金(30970358,31071896)资助
【更新日期】 2014-06-23
【分类号】 Q503
【正文快照】 变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gelelectrophoresis,DGGE)技术被广泛应用于微生物群落结构分析[1—8],并且在PCR扩增条件、PCR引物设计、DGGE分析方法等方面得到了深入地研究和优化[9—13]。然而,由于PCR扩增条件、变性梯度凝胶的变性范围、DGGE凝胶信息分析方法等都会

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