鸭HDAC1基因编码区的分子克隆及生物信息分析

【摘要】 本研究利用RT-PCR方法获得了鸭HDAC1基因编码区(CDS)序列,结合生物信息学方法对鸭HDAC1序列进行了分析,并比较了其与人HDAC1二级结构和空间结构上的差异。结果表明:鸭HDAC1基因开放阅读框序列1 440 bp,编码479个氨基酸残基,与原鸡的同源性在核苷酸和氨基酸水平分别达到91.46%及93.53%,而与哺乳动物类及昆虫类同源性较低。HDAC1系统进化树表明,鸭HDAC1与原鸡聚在一支,而与哺乳动物人和小鼠遗传距离相对较近,并归类为一大支;鸭与人HDAC1二级结构和修饰位点上也有一定差异,在亲、疏水性质方面又表现一致。鸭与人HDAC1功能也较类似,在氨基酸生物合成、中央中介代谢、转译、能量代谢等功能都具有调控功能,而鸭HDAC1在氨基酸生物合成明显高于人HDAC1在此方面功能的概率。以上结果提示,这些二级结构、空间结构上的差异所造成鸭与人HDAC1功能上的差异,有可能是研究鸭HDAC1的切入点,需要在后续研究中加以重视。更多还原