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绿竹与毛竹纤维素合成酶(CesA)的生物信息学分析

Bioinformatics analysis of cellulose synthase(CesA) of Bambusa oldhamii and Phyllostachy edulis

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【作者】 邓小波胡尚连曹颖卢学琴任鹏段宁

【Author】 DENG Xiao-bo,HU Shang-lian,CAO Ying,LU Xue-qin,REN Peng,DUAN Ning (College of Life Science and Engineering,Southwest University of Science and Technology,Mianyang,Sichuan 621010,China)

【机构】 西南科技大学生命科学与工程学院

【摘要】 纤维素是竹细胞壁的主要组成成份,其存在形式———小微纤丝是由纤维素合成酶(CesA)催化作用得到的36根β-1,4糖苷链结晶而成。以GeneBank数据库中已登陆的完整竹类蛋白序列为分析对象,对其进行系统进化、物理性质、跨膜结构和二级结构的生物信息学分析。结果表明:(1)绿竹和毛竹CesA与水稻CesA具有较高同源性;(2)绿竹和毛竹CesA等电点为6.16-8.62;(3)绿竹和毛竹CesA具有5个,6个或者8个跨膜结构;(4)绿竹和毛竹CesA主要存在α螺旋、β转角(最少)、延伸链和无规卷曲(最多),不含如310螺旋、Pi螺旋、β桥、弯曲区域等结构。

【Abstract】 Cellulose is the principal ingredient of cell wall in bamboo.Small microfibrils were crystallized by 36 tails of β-1,4 glucoside chains that were catalyzed by cellulose synthases.Phylogeny,physical properties,transmembrane domains and secondary structures were studied by bioinformatics tools basing on complete protein sequences of bamboo from GeneBank.The results showed that the CesAs from Bambusa oldhamii and Phyllostachy edulis were highly homologous sequence with those from oryza sativa.5,6 or 8 transmembrane domains were in their proteins with pI from 6.16 to 8.62.Alpha helix,beta turn,extended strand and random coil were existed in secondary structures without 310helix,Pi helix,beta bridge,bend region,ect.

【基金】 四川省应用基础研究基金资助项目(05JY029-101)
  • 【文献出处】 福建林学院学报 ,Journal of Fujian College of Forestry , 编辑部邮箱 ,2011年01期
  • 【分类号】S795
  • 【被引频次】12
  • 【下载频次】334
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