茶树转录组中SSR位点的信息分析-中国学术期刊网络出版总库

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茶树转录组中SSR位点的信息分析

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【英文篇名】	Analysis on SSR information in Camellia sinensis transcriptome
【下载频次】	★★★★★
【作者】	杨华; 陈琪; 韦朝领; 史成颖; 方从兵; 宛晓春;
【英文作者】	YANG Hua1; 2; CHEN Qi1; WEI Chao-ling1; SHI Cheng-ying1; FANG Cong-bing 1; 3; WAN Xiao-chun1(1.Key Laboratory of Tea & Medicinal Plants and Product Safety; Ministry of Agriculture; Anhui Agricultural University; Hefei 230036; 2.School of Science; 3.School of Horticulture; Hefei 230036);
【作者单位】	安徽农业大学农业部茶及药用植物安全生产重点开放实验室; 安徽农业大学理学院; 安徽农业大学园艺学院;
【文献出处】	安徽农业大学学报 , Journal of Anhui Agricultural University, 编辑部邮箱 2011年 06期期刊荣誉：ASPT来源刊中国期刊方阵 CJFD收录刊
【中文关键词】	茶树; 转录组; SSR信息;
【英文关键词】	tea plant; transcriptome; SSR information;
【摘要】	利用茶树全转录组的高通量测序获得的127 094条Unigenes来发掘茶树转录组SSR功能性标记。在这些序列中共搜索出12 242个SSRs,分布于10 325条Unigenes中,出现频率为9.63%。茶树转录组SSRs的平均长度为16 bp,平均分布频率是1/3.68 kb。在茶树转录组的SSRs中,二核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的63.78%。茶树转录组SSRs共包含181种重复基元,二核苷酸重复基元CT/AG和TC/GA是优势重复基元类型,分别占总SSRs的23.84%和23.58%。同时对这些SSR的可用性进行了评价。
【英文摘要】	A total of 127 094 unigenes derived from deep sequencing of camellia sinensis transcriptome were used for the development of functional SSR molecular markers.Overall,12 242 SSRs distributed in 10 325 unigenes were detected,accounting for 9.63% of all the unigenes.The average length and distribution distance of the transcriptomic SSRs are about 16 bp and 3.68 kb,respectively.There are 181 kinds of repeat motifs existing in the tea plant transcriptome,and the dinucleotide repeats are the main types,accounting...
【基金】	“十二五”国家科技支撑计划(2011BAD01B01); 教育部、农业部重点实验室开放基金项目(ltbb201102042)共同资助
【更新日期】	2012-01-05
【分类号】	S571.1
【正文快照】	简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)又称微卫星DNA、短串联重复序列,一般为以1～6个碱基为核心序列。SSR遗传位点广泛分布于所有原核生物和真核生基因组中,具有分布丰富性、遗传共显性和技术简单性等特点,而且多态性十分丰富,已广泛用于遗传和物理图谱的构建、品种鉴定

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