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枯草芽胞杆菌基因组混组方法

Genome shuffling method of Bacillus subtilis

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【作者】 杨俊杰范文超肖晗关春鸿曹传增邵海峰姜卫红杨晟

【Author】 Junjie Yang1,2, Wenchao Fan3, Han Xiao1, Chunhong Guan1, Chuanzeng Cao1,3, Haifeng Shao4, Weihong Jiang1, and Sheng Yang1,2,3 1 Key Laboratory of Synthetic Biology, Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032, China 2 Shanghai Research and Development Center of Industrial Biotechnology, Shanghai 201201, China 3 Huzhou Research Center of Industrial Biotechnology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Huzhou 313000, China 4 Zhejiang Shunfeng Haider Co. Ltd., Dongyang 322100, China

【机构】 中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所合成生物学重点实验室上海工业生物技术研发中心中国科学院上海生命科学研究院湖州工业生物技术中心浙江顺风海德尔有限公司

【摘要】 基因组混组作为一种育种方法,通过循环原生质体融合等手段,使得不同菌株来源的基因组能够得到充分重组,增加将正向突变整合到同一重组子中的机会。使用4株带有4种不同标记的枯草芽胞杆菌亲本为初始菌株,通过循环转化、循环转导或循环原生质体融合的手段进行基因组混组,统计后代中非亲本类型占整个群体的比例,以衡量基因组混组的效果。分别经过5轮循环原生质体融合、循环转化或者循环转导,结果显示,重组程度较高者在后代群体中的比例较低,带有4种标记的后代未出现,带有3种标记的后代最高分别为4.53×10?4、1.64×10?4、4.47×10?3,明显低于文献报道的天蓝色链霉菌中同样实验的结果:带4种和3种标记的后代分别占2.5%、17%。对比上述实验的结果和文献报道的天蓝色链霉菌、乳杆菌基因组混组的结果,并结合计算机模拟循环融合过程,分析后认为:要达到较充分的基因组混组,需要有能够实现微生物细胞间高频重组的操作技术作为基础,重组频率应该不低于10?3~10?2数量级。

【Abstract】 Genome shuffling methods were explored for Bacillus subtilis strain molecular breeding. Recycling protoplast fusion, recycling transformation and recycling universal transduction were used for genome shuffling in B. subtilis. Four strains with different nutrition-deficiency markers were used as initial strains. After five rounds protoplast fusion, transformation or transduction, the descendant with 4 markers had not been detected, and the rate of descendant with 3 markers were 4.53×10-4, 1.64×10-4, 4.47×10-3, respectively. A computer program was made to simulate the recycling fusion process. Based on simulation result and comparing the genome shuffling result of B. subtilis in this experiment and that of Streptomyces coelicolor reported in references, effective genome shuffling needs a high recombination rate of at least between 10?3 and 10-2.

【基金】 国家自然科学基金(Nos30370022,30570028);国家重点基础研究发展计划(973计划)(No2007CB707803)资助~~
  • 【文献出处】 生物工程学报 ,Chinese Journal of Biotechnology , 编辑部邮箱 ,2010年10期
  • 【分类号】Q789
  • 【下载频次】213
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