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基于串联质谱的快速肽段鉴定算法

Fast Peptide Identification Algorithm Based on Tandem Mass Spectrum

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【作者】 邵明芝徐云王颖李文军

【Author】 SHAO Ming-zhi1,2,XU Yun1,2,WANG Ying1,2,LI Wen-jun1,2(1.Department of Computer Science and Technology,University of Science and Technology of China,Hefei 230026,China;2.Anhui Province Key Laboratory of High Performance Computing,Hefei 230026,China)

【机构】 中国科学技术大学计算机科学技术系安徽省高性能计算重点实验室

【摘要】 在现有RT-PSM算法的基础上,完成蛋白质数据库酶切成肽段数据库的转换过程,提出有效峰提取的优化策略,设计一个肽段鉴定算法——FPI-PSM。对于没有翻译后修饰的情形,采用Keller数据集进行测试。与RT-PSM算法相比,FPI-PSM算法的灵敏度提高了5%,每个质谱的平均鉴定时间从13.6 ms下降到5.6 ms。

【Abstract】 Based on existing RT-PSM algorithm,this paper proposes a new peptide identification algorithm called FPI-PSM,which transforms the digestion of protein into peptide database and proposes an optimization strategy for effective peak extraction.Ignoring post-translational modification,it conducts tests on the recognized Keller dataset.Compared to RT-PSM,FPI-PSM improves the sensitivity by 5%,and decreases the average time of identifying each mass spectra from 13.6 ms to 5.6 ms.

【基金】 国家自然科学基金资助重点项目“当代并行机的并行算法应用基础研究”(60533020)
  • 【文献出处】 计算机工程 ,Computer Engineering , 编辑部邮箱 ,2010年18期
  • 【分类号】TP311.13
  • 【被引频次】2
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