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基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法

Automatic Gridding for cDNA Microarray Images Based on Differential

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【Author】 NIE Gui-jun1,2,3,WANG Jing4,WANG Jia-jun2,YE Xi-jun5,CHEN Qiang3,YANG Jing-yu3(1.Department of Information Engineering,Nanjing Institute of Industry Technology,Nanjing 210046,China;2.School of Electronics Information,Soochow University,Suzhou 215021,China;3.School of Computer Science and Technology,Nanjing University of Science and Technology,Nanjing 210094,China;4.Department of Information Science,Nanjing Institute of Population Management,Nanjing 210042,China;5.College of Information Science and Technology,Nanjing Agricultural University,Nanjing 210095,China)

【机构】南京工业职业技术学院信息工程系；苏州大学电子信息学院；南京理工大学计算机科学与技术学院；南京人口管理干部学院信息科学系；南京农业大学信息科技学院；

【摘要】针对cDNA基因芯片数据分析中划格对提取杂交荧光样点杂交强度信息的重要作用,提出了一种基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法,采用NCBI上GEO数据库中cDNA基因芯片图像进行划格实验,验证了该算法的有效性。更多还原

【Abstract】 Image analysis is an important stage of cDNA microarray data analysis.Gridding is indispensable to accurately identify the location of each spot and extract spot intensities from the microarray images.In this paper,a differential-based automatic gridding algorithm for cDNA microarray images is presented.The experimental results on cDNA microarray images from Gene Expression Omnibus(GEO) Database of National Center for Biotechnology Information(NCBI) demonstrate the effectiveness of this approach.更多还原

【关键词】互补DNA；基因芯片；划格；基因表达；图像分析；
【Key words】 cDNA； DNA microarray； gridding； gene expression； image analysis；

【基金】国家自然科学基金项目(60871086);国家863计划项目(2006AA10Z1E5);江苏省高校自然科学研究项目(09KJD510006)

【文献出处】江南大学学报(自然科学版) ,Journal of Jiangnan University(Natural Science Edition) , 编辑部邮箱 ,2010年01期

【分类号】TP391.41
【被引频次】3
【下载频次】119

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