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蓝细菌中与PⅡ蛋白或NtcA蛋白相互作用的PipX蛋白的生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of PipX,a Protein Interacting with PⅡ or NtcA in Cyanobacteria

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【作者】 张鹏王莉陈雯莉

【Author】 ZHANG Peng WANG Li CHEN Wen-li State Key Laboratory of Agricultural Microbiology,Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China

【机构】 华中农业大学农业微生物学国家重点实验室

【摘要】 应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站与生物信息学软件对蓝细菌各菌株的PipX进行多序列同源对比分析,获得保守序列,预测了二级结构与结构域,分析了pipX的基因簇等。分别构建了蓝细菌的16S rDNA进化树以及基于PipX的分子进化树,同时也对与PipX相互作用的NtcA和PⅡ构建分子进化树进行了比较分析,了解它们之间起源与进化的关系。由此推测PipX可能是蓝细菌氮代谢途径中除NtcA、PⅡ外的另一个关键调控蛋白,有着重要的生理功能。

【Abstract】 The multi-sequence homologous alignment of PipX in cyanobacteria and the conserved sequences were analyzed by bioinformatics softwares and websites such as NCBI,Expasy and so on.The secondary structure and structural domain of PipX was predicted and pipX gene clusters were dissected.The phylogenetic tree of 16S rDNA in cyanobacteria was constructed.In addition,the phylogenetic relationships among PipX,NtcA and PⅡ were studied by constructing phylogenetic trees of these genes.The results indicated that PipX is an important regulation protein in the nitrogen metabolism of cyanobacteria in addition to NtcA and PⅡ,and might have important physiological functions.

【关键词】 PipXNtcAPⅡ生物信息学蓝细菌
【Key words】 PipXNtcAPⅡbioinformaticscyanobacteria
【基金】 国家自然科学基金项目(30670046)资助
  • 【文献出处】 华中农业大学学报 ,Journal of Huazhong Agricultural University , 编辑部邮箱 ,2010年01期
  • 【分类号】Q936.1
  • 【被引频次】5
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