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基于动态算法的序列分析

Sequence Analysis Based on Dynamic Algorithm

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【作者】 李誌刘元宁武泽旭常亚萍何飞徐宝林张浩

【Author】 LI Zhi1a,LIU Yuan-ning1a,WU Ze-xu2,CHANG Ya-ping1a,HE Fei1a,XU Bao-lin1b,ZHANG Hao1a (1a. College of Computer Science and Technology,Jilin University,Changchun 130012,China; 1b. College of Animal Science and Veterinary Medicine,Jilin University,Changchun 130062,China; 2. College of Electrical Engineering and Information,Sichuan University,Chengdu 610065,China)

【机构】 吉林大学计算机科学与技术学院四川大学电气信息学院吉林大学畜牧兽医学院

【摘要】 为了获得2009年新型甲型H1N1流感病毒与2008流感病毒的基因序列及氨基酸序列的一致性,以便对一个基因家族的生物学特征有一个简明扼要的了解,针对目前流行的新型甲型H1N1流感病毒的基因序列及其所编码的氨基酸序列,采用动态规划算法对其一级序列进行序列相似度分析,获得了2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA和M基因片段以及2008年猪源性甲型H1N1流感病毒的相应基因片段同源性高、在有些位点发生了基因突变增添和突变缺失等重要基因信息。为此次新型甲型H1N1流感病毒的研究提供了依据。

【Abstract】 Sequence alignment is the basis of sequence analysis,which describes the similarity of sequences in a set to understand the biological characteristics of a gene family concisely. The dynamic programming algorithm is adopted to analyze the similarity of the sequence of current-new H1N1 influenza virus gene sequences and their encoded amino acid sequences. Some important genetic information is obtained,such as high homologous be-tween NA and M gene fragments of 2009 new H1N1 influenza virus and corresponding gene fragments of 2008 swine H1N1 influenza,gene mutation in some sites plus-deletion mutation. These results provide the basis for the further study of this new H1N1 influenza virus.

【基金】 国家自然科学基金资助项目(60673099;60873146;60971089)
  • 【文献出处】 吉林大学学报(信息科学版) ,Journal of Jilin University(Information Science Edition) , 编辑部邮箱 ,2010年01期
  • 【分类号】R346
  • 【被引频次】2
  • 【下载频次】143
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