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非编码RNA组科学数据库:NONCODE

Non-coding RNA Scientific Database:NONCODE

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【作者】 任菲何顺民刘长宁赵屹

【Author】 Ren Fei;He Shunmin;Liu Changning;Zhao Yi;Center for Advanced Computing Research,Institute of Computing Technology,Chinese Academy of Sciences;Central South University;

【机构】 中国科学院计算技术研究所前瞻实验室中南大学

【摘要】 NONCODE科学数据库是中国科学院计算技术研究所生物信息学研究组和中国科学院生物物理研究所生物信息学实验室共同开发和维护的一个提供给科学研究人员分析非编码RNA基因的综合数据平台。自从其2005年发布以来,非编码RNA基因的数量飞速增长[1-3],而且人们也逐步认识到非编码RNA基因在大多数物种中都发挥着重要的调控作用[4]。《Science》杂志在2005年1月的期刊中曾给予NONCODE数据库较高的评价和推荐。2006年,ISI Web of Knowledge邀请收录NONCODE科学数据库;2007年,中国国家医药卫生科学数据共享平台收录了NONCODE科学数据库。目前在NONCODE 2.0数据库中,非编码RNA基因的数量大约为20多万条目,其中包括了microRNA,Piwi-interacting RNA和mRNA-like ncRNA等。同时,在NONCODE中的非编码RNA基因数据分析平台中,还为研究人员提供了BLAST序列比对服务,非编码RNA基因在基因组中定位以及它们的上下游相关注释信息的浏览服务。研究人员可以通过http://www.noncode.org/或者http://noncode.bioinfo.org.cn/网站来访问该数据平台。

【Abstract】 The NONCODE database is an integrated knowledge database designed for the analysis of noncoding RNAs(ncRNAs).Since NONCODE was firstly released in2005,the number of known ncRNAs has grown rapidly,and there is a growing acknowledgement that ncRNAs play important regulatory roles in most organisms.In the NONCODE database,the number of collected ncRNAs has reached 206226,including a wide range of microRNAs,Piwi-interacting RNAs and mRNA-like ncRNAs.The improvements of the database include not only new and updated ncRNA data sets,but also an incorporation of BLAST alignment search service and access through our custom UCSC Genome Browser.NONCODE can be accessed through http://www.noncode.org or http://noncode.bioinfo.org.cn.

【关键词】 非编码RNA科学数据库RNA组学
【Key words】 Non-coding RNAScientific databaseRnomics
  • 【文献出处】 科研信息化技术与应用 ,e-Science Technology & Application , 编辑部邮箱 ,2009年03期
  • 【分类号】TP311.13
  • 【被引频次】3
  • 【下载频次】220
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