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生物信息挖掘中LIS算法研究

LIS algorithm for bioinformatics mining

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【作者】 严华云李刚张建宏

【Author】 YAN Hua-yun1,2,LI Gang1,ZHANG Jian-hong1(1.School of Information & Engineering,Huzhou Teachers College,Huzhou Zhejiang 313000,China;2.College of Electronics & Information Engineering,Tongji University,Shanghai 201804,China)

【机构】 湖州师范学院信息工程学院同济大学电子与信息工程学院

【摘要】 探讨了生物信息挖掘中ó模式子序列问题的一个特例,即最长递增子序列(LIS)问题。对于LIS问题,分别用LCS算法、动态规划、动态规划结合二分法进行求解,并分析了这三种算法的时间和空间复杂度,对其中两种算法进行了实现,验证了时间和空间复杂性理论分析的正确性,最后得出了一种高效的LIS算法。

【Abstract】 This paper introduced a special problem of ó pattern subsequence in bioinformatics mining,that was LIS problem.This paper gave three algorithms of the LIS problem,they were LCS-based,dynamic programming,dynamic programming binary search,and analyzed the advantage and disadvantage of the three algorithms,and tested the performance of the three algorithms’ complexity through experiment.Finally,it educed an effective LIS algorithm.

【基金】 国家自然科学基金资助项目(60573056);浙江省自然科学基金资助项目(Z106335,Y107759,Y107293);浙江省科技计划资助项目(2008C21083);湖州市科技攻关项目(2008GG11);湖州市科技计划资助项目(2007YZ08)
  • 【文献出处】 计算机应用研究 ,Application Research of Computers , 编辑部邮箱 ,2009年01期
  • 【分类号】TP301.6
  • 【被引频次】3
  • 【下载频次】173
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