信息熵方法大批量分析成熟体及前体miRNA序列的重要位点

【摘要】 为了寻找miRNA连续序列上的位点保守性和碱基关联性的证据,本研究通过信息熵分析研究了一些已报告的miRNA和它们前体上的一些重要位点.根据miRNA的来源(动物、植物和病毒)和序列在miRNA前体上的位置(头部和尾部),把得到的数据分为12组.然后通过计算单个碱基信息的冗余度(D1(L))和相邻碱基相关信息冗余(D2(L))的方法来分析这些数据.研究结果表明D2(L)比D1(L)含有更多的信息,尽管在各个组里面D1(L)和D2(L)值的变化基本呈正相关.病毒的前体miRNA比来源于动物和植物的前体miRNA在这些关键位点上更具有保守性.另外,和其他碱基相比,U在所研究的位点中占有很大比例.研究发现在一些组的中间位点(即Dicer酶在前体miRNAs上的剪切位点)十分保守.这个现象表明保守性在miRNAs的成熟过程中很重要,而且可能参与了Dicer酶的识别和剪切过程.以上这些结果从另外一个角度理解了miRNA前体的一级结构.更多还原